1902年，袁世凯在天津创办北洋军医学堂。北洋军政司军医局总办（局长）徐华清兼任北洋军医学堂总办（校长）。
徐华清（1861-1924），字静澜，广东五华人。因出身贫苦到香港谋生，此后受到教会的资助，他先是在香港大学学习医学（孙中山先生的校友），后留学德国获医学博士学位。后因给慈禧太后治愈疾病，被册封一品花翎顶戴、总理医政。
徐华清
1902年，北洋军医学堂成立后，聘请日本陆军二等军医正平贺次郎为总教习，从德、日购置图书仪器，借用天津东门外南斜街浙江海运局暂为校址。当年十月下旬，北洋军医学堂首次招考学生，从百余名应试者中取六十四人，次年春经过复试正式录取三十七人。学堂对复试前五名还予以奖赏。
北洋军医学堂开设科目有：生理学、药理学、诊断学、化学、物理学、日文、汉文等科目，实行四季考试。为加强学生的实习能力，1905年初，学堂派学生奔赴各处军营担任副医官和医长之职，副医官月薪120元，医长月薪80元。
1906年清陆军部成立，办公地点设在北京铁狮子胡同（今张自忠路3号），陆军部下设的军医司接办北洋军医学堂，更名陆军军医学堂。同年迁入天津河北区黄纬路新校舍，日本正平贺次郎继续担任总教习。
同时，陆军部颁布了《军医学堂试办章程》，规定学制四年，学习内容中西兼顾。1908年陆军军医学堂开设药科，学制三年，开创中国药学教育之先河。
1910年10月，东北鼠疫流行。12月，陆军军医学堂副监督伍连德被任命为全权总医官。伍连德于12月24日带着助手、陆军军医学堂学员林家瑞，抵达疫情最严重的哈尔滨傅家甸，开始了大规模的鼠疫防疫工作，随后抽调陆军军医学堂以及北洋医学堂、协和医学院的医护人员以及直隶、山东等地方的一些医生，陆续前往东北。因为他们采取了科学而有效的防疫措施，肆虐哈尔滨半年之久的大鼠疫，依靠中国人自己的力量，被遏制住了。
1912年，民国建立后，陆军军医学堂更名为陆军军医学校，徐华清调任他职。此后校长一职由北洋军医学堂第一期毕业生李学瀛继任。同年，陆军军医学校成立附属医院。
1914年全绍清继任陆军军医学校校长。全绍清（1884-1951），字希伯，直隶宛平人，满洲正白旗。他毕业于天津北洋医学堂，后随清廷派往西藏的钦差大臣入藏，任钦差大臣行署医官。1906年到1910年，全绍清在天津北洋医学堂任解剖学医学教授，1912年，留学美国霍普金斯大学，又到哈佛大学进修公共卫生学。1914年，全绍清以陆军部军医署署长兼任陆军军医学校校长。
1918年，绥远、山西等地发现肺鼠疫情，北京政府内务部派陆军军医学校校长全绍清前往主持防疫，并任第一区检疫委员，全绍清校长偕同教官、学生前往疫区，此后疫情在3个月内得到控制。
1918年，民国北洋政府陆军部决定将天津的陆军军医学校、保定的陆军兽医学校迁往北京。该校迁京后，改名为北京陆军军医学校。陆军军医学校附属医院一同迁往北京，学校通信地址为北京东四六条胡同东口。东四六条（东口）虽然是通讯地址，但学校并不在东四六条的胡同里，而是在东四六条、七条、八条东口马路对面的富新仓。学校大门朝西基本上对着东四六条东口，故通讯的地址为“东四六条东口”。
民国时《北平内外城详图》中绘有陆军军医学校
《北京陆军军医学校》的作者沙林芳先生的父亲那丹珠，毕业于北洋医学堂第二期，沙林芳先生与弟弟均先后就读于陆军军医学校。沙林芳在《北京陆军军医学校》一书中记载：“段祺瑞政府委派陆军部军医司司长魏海楼，在北京东城南门仓至北门仓一带，将旧粮仓改建为陆军军医学校及附属医院、陆军兽医学校和陆军卫生材料厂，修建了新校舍和厂房。”
当时，陆军军医学校每年暑假招新生，医科招三四十人，药科二十人，学员学习生活一切军事化。每周放假一天，星期六下午二时即可回家，星期日晚八时前必须返校。宿舍每间住六七人，晚上自习到十时睡觉，作息时间规定很严，均以军号为准。
陆军军医学校讲义
不过，陆军军医学校在北京期间，正值时局混乱之时，陆军军医学校的校长时常因北洋政府内阁的更迭而撤换，校舍遭到军队侵占，教育器材毁坏颇多，学校的发展几乎处于停滞状态。
曾任军医学校教育长的张建回忆：“当时学校经费匮乏，教员领不到薪水，教学断断续续，学生只能自购讲义、参考书自学。”
此后，随着时局的变幻，学校更是经历多次合并与搬迁。1928年，陆军军医学校将天津海军军医学校合并（李鸿章于1881年在天津创办天津医学馆，1893年更名北洋医学堂，1915年改称天津海军军医学校）。1928年8月，国民政府派人接管陆军军医学校，并改称军政部陆军军医学校。当时因经费困难，医、药各科不能满额招生。
1933年5月陆军军医学校奉令南迁到南京，陆军军医学校附属医院留在北平。
1935年8月学校更名为中央军医学校，校长由蒋介石兼任。1937年军医学校迁往广州，校长仍由蒋介石兼任，张建为教育长，实际校务由张建负责。1938年日军于惠州登陆，军医学校迁往广西。1939年全校迁往贵州安顺。
抗战胜利后，中央军医学校在上海江湾复校。1947年6月1日更名为国防医学院。1949年2月至5月，该校分批迁往台湾，而上海江湾遗留下来的校舍演变为中国人民解放军第二军医大学，2017年更名为中国人民解放军海军军医大学。
值得一提的是，陆军军医学校附属医院后来几经变迁，如今仍然发挥着作用。在第一次世界大战期间，北洋政府指定陆军军医学校附属医院作为收治德奥战俘的专门医院，这也是第一次世界大战中东方战场唯一的一所“战俘医院”。
中国人民解放军第七医学中心院内的老建筑，或为民国时陆军军医学校附属医院的建筑。
宋哲元主政华北时期，陆军军医学校附属医院被改为二十九路军后方医院。1937年北平沦陷后，日军占领陆军军医学校附属医院，改为日本陆军第一百五十一兵站医院。抗战胜利后国民政府收回医院，命名为北平陆军医院。
1949年北平和平解放，中国人民解放军接管医院，如今为中国人民解放军第七医学中心。