受精卵就像一颗种子，要经历一系列复杂而奇妙的过程，才会最终成长为一个健康的宝贝。
如果，在最初的阶段，受精卵出现发育异常而自动终止了发育称之为“胚胎停育”，胚胎停育是自然流产前的阶段，胚胎停育后如果被母体自我保护性的排出体外称之为自然流产，如果排出失败而残留在宫腔内称之为稽留流产。
胎停可以说是一种人体的优胜劣汰，说明这个胚胎发育的质量不高，这样生出来可能不能适应这个世界。即使拥有优质的胚胎，也还是需要适宜的内膜条件、激素水平来维持。
总体来讲流产和胚胎停育的原因可分为以下几种：
胚胎质量不好
作为早期流产的主要原因，胚胎和胎儿染色体异常占据了半壁江山，约占50~60%。
染色体异常包括数量和结构异常，数量上的异常可分为非整倍体和多倍体，最常见的异常核型为三倍体，其他有单倍体，四倍体因卵裂异常致胚胎不发育。
结构异常有缺失，如平衡易位、倒置、重叠等。平衡易位是最常见的染色体异常。
夫妻一方或双方有染色体异常可能传给子代，随怀孕夫妻年龄增加，尤其年龄超过35岁甚至40岁，胚胎染色体异常的可能性成倍数增加。有时候即便是夫妻染色体检查均正常，胚胎也会有染色体变异。
一般染色体变异的卵子受精以后，不能发育成胚胎，但也有部分患者生化或者胎停/流产。
早孕期间感冒、发热（细菌或病毒感染）、不正常使用药物也可能引起胚胎染色体异常。
母体的因素
子宫内膜太薄、先天或后天的子宫异常，比如子宫纵膈、子宫肌瘤、宫腔粘连等，都存在导致不着床和胎停育的风险。
黄体功能不足： 胚胎着床及继续发育依赖于复杂的内分泌系统彼此协调。作为母体来讲，自身的内源性激素不足，就满足不了胚胎的需要，就有可能造成胚胎的停育和流产。
免疫因素
母胎间的免疫不适应而引起母体对胎儿的排斥。常见的自身免疫疾病为系统性红斑狼疮、硬皮病、混合性结缔组织病、皮肌炎等。
还有就是生殖免疫的问题，如果我们自身带某种抗体，就有可能影响胚胎的发育。
不良环境的影响
早孕时期激素的变化，会导致母体对一些药物和环境中有害物质的吸收、分布和排泄都发生了较大的改变，在发育初期，胚胎对治疗药物和环境因素的影响非常敏感，在此时各种有害因素都可导致胚胎的损伤甚至于丢失。
许多药物和环境因素是引起早期胚胎死亡或胎儿畸形的重要因素。会造成流产的环境因素多种多样，其中包括X射线、微波、噪音、超声、高温等物理因素，以及重金属铝、铅、汞、锌影响受精卵着床或直接损害胚胎而导致流产。
不良生活习惯如吸烟、酗酒、咖啡、某些药物等均影响早期胚胎发育。
