据台湾“中时新闻网”报道 陈建仁确定将接任台当局行政机构负责人，但原本其台湾“中研院”特聘研究员职务，月薪上看49万元(新台币，下同)，将以“核准借调、留职停薪”保留，引发没有为民服务、为民进党痛下决心的质疑。对此，高雄市前副市长叶匡时1月29日就表示，“陈建仁从‘中研院’借调出任行政机构负责人反映出一个值得讨论的议题，那就是‘中研究’的定位与绩效”，引发讨论。
叶匡时表示，“陈建仁已经71岁，可以不受年龄限制，继续担任特聘研究员，等蔡英文任期届满，相信陈建仁将会回到‘中研院’继续领高薪担任特聘研究员”。叶匡时更指出，根据台湾“中研院”组织规程规定，具有全球性学术殊荣者之特聘研究员，其聘期不受年龄限制。国际级学术人才不可多得，值得特别尊重珍惜，要求他们在一定年龄就强制退休确实有商榷的余地。
叶匡时更说，为了礼遇尊重学术人才，台“中研院”的特聘研究员分为八个等级，每月薪资从13万到49万，“陈建仁显然是具有全球性学社殊荣，所以可以拿到最高等级薪资，并且没有退休年龄的限制”，不过叶匡时却指出，“问题是，为何只有‘中研院’有这样的规定，岛内公立大学却没法有类似的规定？”他更以陈建仁为例子，“他是每年都要经院务会议重新评鉴是否续聘？或终身免评鉴而永久聘任？他成为最高等级的特聘研究员之后，究竟对台湾学术贡献为何？不知道‘中研院’能否对外做个相关规范的具体说明”。
叶匡时坦言，“这是个奇特的组织，其研究员没有教学责任，只有很少数研究所有收研究生，却拥有丰沛的研究资源”，叶匡时质疑，“纯就经费预算来看，‘中研院’去年一年预算大概是130亿左右，居然超过（台湾）‘交通大学’、‘清华大学’两校合并的预算(共约100亿)，而台大的年度预算也只是200亿左右，这样的预算分配合理吗？”(来源：华夏经纬网)