据新华社消息，9月12日，中共中央、国务院发布《关于支持福建探索海峡两岸融合发展新路 建设两岸融合发展示范区的意见》，其中提到，深化厦门大学与金门大学校际交流合作；支持厦门大学等加强涉台研究机构建设、与台湾各类智库交流合作。
支持厦门与金门加快融合发展。支持厦门开展综合改革试点，以清单批量授权方式赋予厦门在重点领域和关键环节改革上更大自主权。实施金门居民在厦门同等享受当地居民待遇，率先推进基本公共服务均等化普惠化便捷化，打造厦金“同城生活圈”，深化厦门大学与金门大学校际交流合作。探索厦金合作共建基础设施模式，加快推进与金门通电、通气、通桥，支持金门共用厦门新机场。
扩大社会人文交流合作。支持闽台两地各类民间组织开展常态化交流，鼓励符合条件的台湾民间组织在闽设立办事机构。支持厦门大学等加强涉台研究机构建设、与台湾各类智库交流合作。办好海峡论坛等两岸重大交流活动。实施闽台历史展示溯源工程，开展闽台族谱对接、寻根谒祖等活动。发挥妈祖等民间信仰精神纽带作用，开展形式多样的民间信俗交流活动。鼓励台湾宗教界和其他社会人士来闽短期学修。支持闽台佛教、道教交流合作。建立健全平台企业促进闽台人文交流的激励机制。
厦门大学是中国近代教育史上第一所华侨创办的大学。 在建校100周年之际，中共中央总书记、国家主席、中央军委主席习近平向学校发来贺信，贺信指出，厦门大学是一所具有光荣传统的大学。100年来，学校秉持爱国华侨领袖陈嘉庚先生的立校志向，形成了“爱国、革命、自强、科学”的优良校风，打造了鲜明的办学特色，培养了大批优秀人才，为国家富强、人民幸福和中华文化海外传播作出了积极贡献。
于1980年成立的厦门大学台湾研究院是海内外最早公开成立的台湾研究学术机构，也是目前全国高校中规模最大、学科最全、成果最丰硕的涉台研究机构。研究院同时还是国家高端智库建设培育单位，是国家级“2011计划”两岸关系和平发展协同创新中心、教育部人文社科重点研究基地、教育部国别和区域研究基地等多个中央和国家部委政策研究基地的核心依托单位。
在对台交流方面，厦门大学已成为台湾研究的重镇和两岸学术、文化交流的前沿。未来，厦门大学坚持以习近平总书记重要贺信精神领航，在全面建成世界知名高水平研究型大学的基础上，全力奋进第二个百年目标，建成具有厦大风格的中国特色世界一流大学。到2035年跻身世界一流大学行列；到本世纪中叶，即到新中国成立百年之际，跃居世界一流大学前列。