乳糖不耐主要是由于宝宝体内乳糖酶不足或者乳糖酶活性低，不能充分分解利用乳糖。
先天性的乳糖不耐受，由于常染色体上缺乏一种隐性等位基因而导致宝宝出生时就无法制造乳糖酶。而大多数婴儿一出生就自带乳糖酶，出生不带乳糖酶的宝宝非常少见的。
继发性乳糖不耐受，是由各种原因造成的小肠绒毛细胞受损导致的。这也是为什么原来奶粉喝着都没有问题，突然有一天就开始乳糖不耐受需要换奶粉了。而造成这一问题的常见病因主要是肠道问题，包括肠胃炎、腹泻、肠道病毒、肠道细菌及其它环境因素。
当小肠不能分泌足够的乳糖酶去分解乳汁中的乳糖（母乳和普通配方奶都含有乳糖），未被小肠分解的乳糖进入结肠后，在结肠内被肠道细菌转变为短链脂肪酸和氢气，产生醋酸盐、丁酸盐和丙酸盐。这些发酵产物和未发酵的乳糖会导致乳糖不耐受症状（如下图所示）。
在快速分解乳糖的同时可以呵护宝宝受损的肠道，因为乳糖不耐会加剧肠道粘膜受损，肠道不适也会加剧乳糖不耐。所以我们乳糖不耐的宝宝更要注意呵护肠道。