不孕是早发性卵巢功能不全最严重的并发症。在极少数情况下患者可自然怀孕，但是自然流产和胎儿染色体异常的风险相对较高。
对于有生育意愿的患者，可选择通过捐赠的卵子进行体外受精来实现怀孕。卵子捐赠的方式可分为新鲜卵子和冻融卵子。医生会将捐赠者的卵子与患者男性伴侣的精子受精，然后将受精卵植入子宫。目前，保存卵巢功能的方式主要有以下方式：冷冻胚胎；冷冻卵子；冷冻卵巢组织。其中，冷冻的卵巢组织在患者条件允许时进行移植，恢复一定的内分泌及排卵功能，重新使卵巢发生周期性变化，使自然妊娠成为可能。
总而言之，卵巢早衰对怀孕有较大影响，但部分患者仍然有怀孕的机会。因为卵巢早衰是一个渐进性的卵巢功能退化的过程，部分卵巢早衰的患者有残存卵泡，可能会发生偶发的卵细胞发育成熟、排出，可能自然怀孕，也可运用药物促排卵，取卵子进行试管婴儿，帮助怀孕。如果患者子宫内膜功能完好，怀孕机率较高，如果卵巢功能已接近衰竭，成功机率较小。
因此，在卵巢功能完全衰竭之前，应该积极早期治疗。有望在一定程度纠正卵巢功能，提高受孕率。
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