培养院校不同
空军招飞属于全国普通高校招生体系，是军队院校招生工作的重要组成部分，招收的飞行学员入空军航空大学或清华大学、北京大学、北京航空航天大学“双学籍”飞行员班学习，学员毕业后由空军统一分配。
民航招飞则是由航空公司（如国航、东航、南航等）委托高校（如中国民航大学、中国民用航空飞行学院、南京航空航天大学民航学院、上海工程技术大学航空运输学院等）培养飞行学员，所学专业为飞行技术专业。学员毕业后一般会定向分配到国航、东航等国内航空公司。
培养模式不同
空军招收的飞行学员在进入空军航空大学后，要先经过3个月的考察期，合格者才能取得学籍、军籍。空军招飞主要采用两种培养模式，第一种是“四年一贯制”，即飞行学员在空军航空大学全程培养4年，主要进行基础教育和初级教练机飞行训练。达到培训要求的，获得大学本科学历和学士学位，被定为副连职军官，授予空军中尉军衔。如因身体或技术原因不适合继续学习飞行的，转入空军工程大学等军队院校学习航空管制、机关参谋等地面本科专业，总学制4年。第二种是“3+1”军地联合培养模式，即飞行学员在北京大学、清华大学、北京航空航天大学学习3年后，再到空军航空大学学习1年。
民航招收的飞行学员主要是由航空公司委托高校培训，委托培训的飞行学员分为两种：第一种是养成学员，即民航公司招收的应届高中毕业生通过高考录取到相关培训院校（一般为中国民航大学或中国民用航空飞行学院）完成四年本科学习，并完成初始飞行驾驶技术培训。其间，有部分学员会被安排到国外航校进行飞行技术训练，待取得相应资格、证书后再进入民航公司。第二种是大毕改学员，是指从大学生或毕业生转为飞行员，一般是指大学本科毕业后，再接受一年到两年飞行驾驶专业教育，待取得相应资格、证书后进入民航公司。
体检要求不同
空军招飞要求，身高在164-185cm之间，体重不低于标准体重的80%、不高于标准体重的130%，标准体重（kg）=身高（cm）-110。裸眼视力C字表0.8以上，未做过视力矫治手术，无色盲、色弱、斜视等。
新版民航行业标准《民用航空招收飞行学生体检鉴定规范》（MH/T 7013-2017，以下简称《规范》）放宽了多项体检标准，如裸眼远视力由不得低于C字表0.3放宽至0.1，但矫正视力仍不低于C字表1.0；角膜屈光手术由过去的不允许修改为在满足特定要求下有条件地放开；取消了身高和腿长的数值要求，仅规定考生身高、腿长、臂长应符合飞行职业要求等。这些变化将极大提高符合要求的学生比例，有利于航空公司选拔更优秀人才加入飞行员队伍。
招生范围不同
空军招飞面向全国招生。
民航招飞按照分省（区市）计划招生。
飞行工具不同
空军飞行员驾驶的飞行工具主要是战斗机、运输机、直升机等，民航飞行员驾驶的主要是空客运大飞机。
高考录取分不同
空军招飞要求，考生高考成绩需达到自主招生控制分数线。
民航招飞要求，考生高考外语限考英语，录取按照教育部及民航总局划定的录取分数线（一般要求高考成绩总分应达到当年本科最低录取控制分数线）以及英语最低控制线确定，按考生高考成绩排序，从高分到低分择优录取。
未来发展方向不同
空军飞行员是空军部队建设的塔尖，具有较高的政治待遇和社会荣誉。飞行学员除享受军校学员待遇外，还享受有关特殊待遇，包括航空飞行专业岗位津贴、空勤伙食、特种装具等待遇。空军航空大学毕业后，高中生和大学二年级飞行学员获大学本科学历、授学士学位，并任命为副连职军官；应届本科毕业生飞行学员，再授予军事学学士学位，并任命为正连职军官。高中生飞行学员停飞后，根据本人素质且具备培养为地面军官条件的，转入地面军事院校学习。大学二年级飞行学员停飞后，根据本人意愿可退伍回原普通高校继续学习；应届本科毕业生飞行学员停飞后，符合地面军官条件的，可直接任命为地面军官，也可根据本人意愿作退伍安排。
民航飞行学员毕业后，将被分配到航空公司所属的各分公司当客机驾驶员。在正式执机前，还要参加数月的模拟训练，全部考试合格后，就可以成为一名副驾驶员。待副驾驶的飞行经历时间及飞行技术达到标准后，再通过相应考核、面试后可聘任为机长。机长经过相应程序选拔和训练，可聘任为飞行教员。另外，还有一些飞行人员进入航空公司飞行技术管理和企业管理岗位。总体而言，民航飞行员具有较丰厚的福利待遇和良好的职业生涯。