合肥市南门小学坐落在合肥市风景秀丽的包河公园之畔，始建于1897年，最初为美国传教士创办的女子服务社，地址在三牌楼北侧原姚家公馆，1917年迁至现在的庐江路校址，1927年初，学校开始男女兼收，更名为安徽合肥私立三育中学。1949年合肥解放后定名为“私立三育小学”。1953年收归公办，经合肥市教育局批准，更名为合肥市南门小学至今。
自集团化办学后，目前一共有7个校区，分别为南小本部、海恒分校、上派分校、湖畔花园分校、上城国际分校、恒盛皇家花园校区、森林城校区。
南门小学本部，始建于1897年，已有100多年历史，国家总理李克强总理母校就是南门小学本部，目前位于合肥市徽州大道169号。学区范围为：
南门小学森林城校区，位于合肥市万科森林城生活汇商铺18号106正西方向130米，校区于2013年5月22日正式签约入驻，新校于2014年4月破土开工建设， 2015年8月全面竣工，9月1日正式启用。新校设计理念超前，设施配置一流，使更多的学子享受优质教育，为庐阳教育又增添了一道靓丽的风景线。学区范围为：
南门小学恒盛皇家花园校区，建成于2012年8月，坐落于合肥市庐阳区庐阳产业园时雨路上，是庐阳区委、区政府整合优质教育资源，提升办学品位的又一硕果。学校占地24275平方米，总建筑面积达13213平方米，绿化率达30%。按照36个班级规模进行建设。学校现有39个教学班，在校学生2278名，在职教师105名。学区范围为：
南门小学海恒分校，位于美丽的南艳湖畔，宿松路与慈光路交口南侧500米，占地37亩，建筑面积17000平方米。学校于2015年9月1日正式办学，属于跨区域合作办学。由合肥市南门小学派出优秀管理团队，经开区组建教师队伍，接受经开区社会发展局管理。学校规划36个班。目前有三个年级，5个教学班（一年级三个班，二、三年级各一个班），在校学生140人，在编教师14人。学区范围为：
绿地滨水花都小区。
南门小学上派分校，位于合肥市肥西县三河路470附近，占地50亩，投入3000多万元，48个教学班，校舍面积达9000多平方米，于2014年9月1日开学。学区范围为：
以南门小学分校为中心，路以内(以路为界)为该校学区。自合铜路与人民西路交叉口始，沿人民西路至站前路交叉口，沿站前路至潭冲路交叉口，沿潭冲路至三河路交叉口，沿三河路向南至北张交界止(含芮祠社区，上派镇工业聚集区等)。
南门小学湖畔花园分校，位于庐阳“双湖版块”，203国道（合淮路）旁，三国城路对面。学校创办于1964年，2016年在学校原址重建，占地46亩，办学规模36个教学班，总建筑面积30467平方米。2017年7月完工，改名为“湖畔花园小学”。2019年加入南门小学教育集团。学区范围为：
大杨镇十张村、谢岗村、三场村、水库村、岗西村。盛和佳苑小区，建材三厂生活小区，湖畔新城回迁小区森园、鑫园、磊园、晶园、淼园，时代倾城，麓湖府。
南门小学上城国际分校，建于2007年7月，由原合肥市舒城路小学整体北迁举办，是合肥市首批33所小区配套学校之一。学校现有30个教学班，教师84人，学生1500余人。目前位于合肥市庐阳区杏林南门小学上城国际分校(利辛路)。学区范围为：