首先，针对同一种疾病，如果第一类和第二类名录中都有相应的疫苗，建议优先选择第一类疫苗，即免费疫苗。因为，第一类疫苗均经过了国际或国家证实，或国家论证、省级论证，均有明确的科学依据，其安全性、有效性很高。
其次，如果孩子对某一种第一类疫苗有接种禁忌，经医生评估可选择第二类疫苗中具有同种功效、不含接种禁忌的同种类疫苗替代，以免孩子成为免疫空白者。
第三，我国的第二类疫苗中有一些在国际上属于第一类疫苗，也很重要。只是考虑到国内还缺乏相关疾病的流行病学可靠数据，以及适宜的经济条件和实施的可行性条件等综合因素，在我国尚未纳入第一类疫苗的管理。有经济条件的家长可以根据孩子身体需求情况，而选择接种。
第四，第二类疫苗中也有不少联合疫苗，比如甲型乙型肝炎联合疫苗、麻疹腮腺炎风疹联合减毒活疫苗、吸附无细胞百白破灭活脊髓灰质炎b型流感嗜血杆菌联合疫苗(俗称：五联苗)等。由于接种联合疫苗可以同时对几种疾病产生抗体，明显减少孩子接种疫苗的次数，而受到家长们的偏爱。
此外，在我国疫苗的实际使用中，同一种疫苗既可以是第一类疫苗，也可以是第二类疫苗，例如，乙型肝炎疫苗，对于新生儿(出生当天、1月龄、6月龄时分别免费接种1剂次)所用疫苗由政府购买免费提供，属于第一类疫苗;对于成年人，如体检发现体内没有乙型肝炎抗体，也需要接种3剂次乙型肝炎疫苗，但需要自愿自费接种，所用疫苗则属于第二类疫苗。（内容来源：北京市卫生健康委）