在《名侦探柯南》播出的早期，“阿笠博士是大BOSS”这一流言传的是人尽皆知，青山大叔都不得不出来辟谣，可即便官方给出了否认的声明，还是依旧有人怀疑阿笠博士的真实身份。但是近些年来，持有这个怀疑的人越来越少，阿笠博士总算摆脱了黑方BOSS论，其中有一个最为重要的原因，那就是大家非常明白，黑衣组织的老大不可能像他一样豁出性命保护身边的孩子们！
虽然少年侦探团们经常来蹭吃蹭喝，但是阿笠博士并没有把他们当累赘，反而在有危险时第一个冲上去保护他们。在剧场版《异次元的狙击手》里，有人在百米之外朝铃木塔射击，在众人慌忙逃窜之际，阿笠博士一把将孩子们压在自己身下，保护他们不被子弹射到。子弹速度之快，根本不会给人思考的时间，所以这个行为是阿笠博士的本能，他从不怕自己受伤，而是怕孩子们受伤。能做到这个地步，跟亲爷爷也没什么两样了。
阿笠博士身边的孩子并不仅限于少年侦探团，对于小兰、园子、和叶等大孩子，他也会竭尽所能的与他们共患难。在剧场版《侦探们的镇魂歌》里，少年侦探团和小兰等人的手环被安装上了炸弹，目暮警官把他们安置在了同一个房间，并且疏散了附近百米的人群，没想到在炸弹快要爆炸的前一分钟，阿笠博士不顾阻拦的走进了房间里，他说不想让孩子们独自面对。这一刻，弹幕满屏的“阿笠博士真男人”，不少人感动到眼泪都流了下来，明明都是些非亲非故的孩子，他却能做到如此地步，这份心绝不是作秀出来的。
在阿笠博士的眼里，小兰跟柯南的分量同等重要，都是他从小看到大的孩子，情分早就跟亲人一样。在剧场版《瞳孔中的暗杀者》里，凶手拿着枪对准了小兰，可子弹射出的时候，阿笠博士瞬间挡在她的前面，替她挨了那一下，疼的他冷汗都冒出来了。就算阿笠博士当发明家只是为了隐藏他BOSS这一身份，可谁家的BOSS会为了一个只是相处久了的小孩不顾自己安全？那些说阿笠博士是坏人简直没有心！
如果阿笠博士平常只是给孩子买些小礼物、送给孩子点小发明、带孩子们出去旅旅游等，那还有理由怀疑他是黑方人物，但是他都能为了孩子们豁出性命，警察都做不到这个份儿上，在怀疑下去就是没有良心了！