10月9日，教育部网站公布了《对十三届全国人大三次会议第1623号建议的答复》。关于“创立中国南海海洋大学”的建议，教育部表示，建议海南或其他有关省份对建设一所面向南海的海洋大学的必要性、可行性进行调研和论证。该部同时指出，使用“中国南海海洋大学”作为校名与现行政策不符，建议做进一步研究和规范。
答复中提到，《高等教育法》明确规定：“设立高等学校，应当符合国家高等教育发展规划，符合国家利益和社会公共利益”。2015年9月，教育部正式发文同意琼州学院更名为海南热带海洋学院，支持海南省优化面向南海开发的高级专门人才的培养能力和水平。关于创立中国南海海洋大学，建议海南或其他有关省份根据本地区经济社会和产业发展需求，统筹考虑域内现有海洋专业高等教育资源状况，对建设一所面向南海的海洋大学的必要性、可行性进行调研和论证，进一步明确学校的办学定位、服务面向、办学基础、学科专业设置、人才培养模式以及管理体制等，并在编制本省“十四五”高校设置规划时统筹研究。如纳入规划，教育部将支持学校加强建设，提升办学条件，待各方面条件成熟后，依法依规进行审批。
此外，根据《普通高等学校设置暂行条例》《普通本科学校设置暂行规定》，设置普通高等学校，应当根据学校的人才培养目标、学科门类、规模、领导体制、所在地等，确定名实相符的学校名称，但不得冠以“中国”、“中华”、“国家”等字样。因此，使用“中国南海海洋大学”作为校名，与现行政策不符，建议在编制规划过程中对学校命名做进一步研究和规范。
教育部还在答复中介绍，下一步，该部将加大力度引导毗邻南海的省份高校主动服务国家战略和区域经济社会发展，做好相关领域的学科专业设置与建设工作，强化科研平台基地建设，积极开展高水平科学研究及学术合作交流，不断深化产教融合、校企合作，培养南海资源开发多层次人才。