鼠型斑疹伤寒的早期，起发热、伴寒战、继之高热。体温于1～2日内达39℃～40℃，呈稽留热型，少数呈不规则或弛张热型。常初发于胸腹部，于24h内迅速扩展至颈、背、肩、臂、下肢等处，颜面及掌跖部少见。伴严重毒血症症状，剧烈头痛、烦燥不安、失眠、头晕、耳鸣、听力减退。言语含糊不清，全身肌肉酸痛。此时患者面颊、颈、上胸部皮肤潮红，球结膜高度充血，似酒醉貌。肺底有湿性罗音。肝脾在发热3～4日后肿大、质软、压痛。发热起病多急骤，少数患者有1～2天的乏力、纳差及头痛等前驱期症状。体温逐渐上升，第1周末达高峰，多在39℃左右，稽留热或弛张热。热程多为9～14天，体温多逐渐恢复正常。伴发冷、头痛、全身痛及结膜充血。中枢神经系统症状，患者神经系统症状较流行性斑疹伤寒轻，表现为头痛、头晕、失眠，较少发生烦躁、谵妄、昏睡及意识障碍，约50%可伴有脾轻度肿大，肝肿大较少见。发疹期3.50%～80%的患者在发病第5天开始出现皮疹，初为红色斑疹，直径约1～4mm，继成暗红色斑丘疹，压之退色，极少为出血性。常初发于胸腹部，于24h内迅速扩展至颈、背、肩、臂、下肢等处，颜面及掌跖部少见。严重者手掌及足底均可见到，但面部无皮疹，下肢较少。皮疹大小形态不一，约1～5mm，边缘不整，多数孤立，偶见融合成片。初起常为充血性斑疹或丘疹、压之退色，继之转为暗红色或出血性斑丘疹，压之不退色、皮疹持续1周左右消退。退后留有棕褐色色素沉着。近年来国内报道出现皮疹者不足10%。皮疹出现时间及特点与流行性斑疹伤寒相似，但皮疹数量少，多为充血性，出血性皮疹极少见。
随着皮疹出现，中毒症状加重，体温继续升高，可达40～41℃。与此同时，神经精神症状加剧，神志迟钝、谵妄、狂燥、上肢震颤及无意识动作，甚至昏迷或精神错乱。亦可有脑膜刺激征，但脑脊液检查除压力增高外，多正常。循环系统脉搏常随体温升高而加速，血压偏低，严重者可休克。部分中毒重者可发生中毒性心肌炎，表现为心音低钝、心律不齐、奔马律。亦有少数患者发生支气管炎或支气管肺炎。消化系统有食欲减退、恶心、呕吐、腹胀、便秘或腹泻。多数患者脾肿大，肝肿大较少。