目前国内外公认适合儿童肥胖的治疗方法是，包括行为矫正、饮食调整和运动在内的综合治疗方案。儿童肥胖形成是许多因素作用的结果，在治疗过程中如果只用单一的方法治疗，效果很不理想，国内外一些专家曾经用单纯的饮食控制和单纯的运动训练来治疗肥胖儿童，结果不尽人意。不良的饮食、运动行为和生活习惯是引起肥胖的主要原因，想彻底根除肥胖，必须从这些引起肥胖的原因着手，建立健康的生活模式，只有这样，才能保证正常的体重。
儿童肥胖的治疗有别于成人肥胖，儿童具有生长发育的特点，任何治疗措施都不应妨碍儿童正常的生长发育，因此在成人期可以使用的手术去脂、药物减肥、饥饿疗法、禁食等，在儿童期是不宜使用的，因为这些方法都有可能对儿童的生长造成不利影响。此外，短期快速减肥在儿童期也是不提倡的。孩子从正常体重长成肥胖，一般要经常数月或数年，在此过程中，身体的各个器官、譬如心、肺、肾脏等，已经逐渐适应了高体重的状况。短期快速减肥（例如一星期减去好几公斤）一般减去的是身体的水分（体液），人体体液快速丢失，使心肺和肾脏等器官一时难以适应，容易出现循环系统的问题和导致肾功能损害，甚至会增加成年后心血管疾病的危险因素。另一方面，以人体水分丢失为主要方式的减肥，难以持久，一旦减肥措施停止，体重会迅速恢复到原有水平。体重的大起大落，不仅对身体健康有害，且容易使肥胖儿童对治疗肥胖失去信心。