儿童肥胖由多种因素相互作用而发病，临床上分为单纯性肥胖症和病理性肥胖症两大类，其中单纯性肥胖症在儿童期最多见，大约占儿童肥胖总数的95%；病理性肥胖又称为继发性肥胖，是继发于其他疾病而产生的，仅占儿童肥胖的5%。单纯性肥胖的病因至今仍不十分清楚，一般认为与遗传、饮食习惯、生活方式及环境、以及神经内分泌与能量代谢等有关。
儿童肥胖的发病原因
遗传因素
单纯性肥胖有家族发病倾向，很多肥胖儿有家族肥胖史。父母双方肥胖，其子女大约有70%～80%发生肥胖；父或母其中一人肥胖，子女发生肥胖的几率大约为40%～50%；父母均为瘦体型，子女发生肥胖的可能性仅为9%～14%。这主要是因为儿童的活动量、饮食习惯可能受父母和家庭的影响。另外，静息和活动的能量消耗基础水平由遗传决定。某些肥胖家族的基础代谢值降低。父母双方或单方肥胖的子女，其基础代谢值低于体重正常父母的子女约10%，体育活动能量消耗低于正常体重父母所生子女的2倍。
近年来，学者们对肥胖病因分子生物学的深入研究，使我们对肥胖的遗传因素有了更清晰的认识。1994年学者们在肥胖鼠克隆出肥胖表型的瘦素基因，并定位于第6号染色体，之后的研究证实，人的瘦素基因位于第7号染色体上。1998年在神经肽家族中，新发现一类具有调节食欲作用的神经肽类激素―食欲素，其基因位于第17号染色体。此类激素主要分布在下丘脑摄食中枢，调节人们的食欲，与肥胖的发生密切相关。
喂养方式及饮食习惯
喂养过度是肥胖的物质基础。过食，使过剩的能量转化为脂肪储存体内造成肥胖，而人体脂肪含量与食物中脂肪含量相关。婴儿期肥胖受出生体重、喂奶量和过早添加固体食品等影响。孕母怀孕后期摄食过多、体重增加过速或患糖尿病，会使胎儿体脂过多和出生时超重。婴儿和儿童期摄食过度可以成为成人期肥胖的原因。饮食习惯、食品的质和量受社会和家庭的影响，目前我国各大城市中绝大多数家庭已步入小康，食物摄入可以任选所爱，尤其有些独生子女除摄食过度，尚偏爱荤食、油腻、甜食和零食，使能量更多储存，肥胖发生率增高。
生活方式
久坐的生活方式是肥胖发生的重要危险因素。西方工业化国家久坐的生活方式，使肥胖发生率上升。近10年来，这种生活方式也在我国蔓延，例如学龄儿童缺乏运动，每天放学后必须完成大量的课外作业，或有的孩子长时间看电视。
现有观点认为，电视与肥胖有因果关系，电视中往往会介绍大量美味、可口的食品，使小儿食欲大增；而且在看电视过程中由于运动减少，代谢率随之下降，从而使肥胖发生。WHO介绍的各年龄组每天能量需要量对久坐生活的儿童可能过高。
环境因素
环境因素影响肥胖是很复杂的，包括社会因素、家庭文化水平、经济基础、生活习惯、环境污染等和肥胖的发生都有一定的关系。在人们从贫困走向富庶的阶段，往往摄入碳水化合物过多，而蛋白质摄入不足，这种“小康型饮食”往往会导致营养不良性的肥胖。在发达国家，层次高的富裕家庭肥胖发病率低于层次低的低收入家庭。因为前者接受文化教育机会多，知道肥胖的危害，摄食以高蛋白、蔬菜、水果为主，重视体育锻炼；而后者对发生肥胖并无心理压力，选择食物多考虑口味，忽视体育锻炼。不发达国家，则富裕家庭中肥胖发病率高于贫困家庭，因为前者以食物的充沛和口味为满足，将肥胖与生活水平高相联系；而贫困家庭则因吃不好、吃不饱而肥胖发病率低。
神经内分泌与能量代谢
肥胖的根本原因是摄食超量和能量消耗减少，造成了能量正性平衡的结果。现一致认为调节摄食的中枢位于我们大脑的一个特殊结构―下丘脑，其外侧是饥饿中枢、内侧核是饱足中枢。多种复杂的因素可作为信号物质，通过神经、体液向摄食中枢发出信号，促使其调节摄食活动。如食物的可得性、色、香、味等，通过胃肠道的感受系统向摄食中枢发出信号，从而引起食欲。在此过程中，体液中的葡萄糖、氨基酸等物质均可能参与调节。
继发于其他疾病的肥胖
此部分的肥胖属于病理性肥胖。其肥胖的原因即是原发病。如皮质醇增多症、高胰岛素血症、甲状腺功能减退症、多囊卵巢综合征、劳-蒙-毕综合征、贝-韦综合征等疾病均可以导致肥胖表现。
儿童肥胖的判断标准
年龄别体重 根据不同年龄体重的正常值来检测肥胖。方法简单，适用于小年龄儿童。体重超过同年龄、同性别儿童的平均体重2个标准差为超重，超过3个标准差为肥胖（有标准表格）。用体重作为判定标准时，还要考虑身高和体型，同一年龄的孩子，身高偏高孩子的体重比偏矮的孩子要重，因此，需同时目测孩子的体型以减少误差。
皮褶厚度 是直接测量局部体脂的一个方法。皮下脂肪厚度与全身脂肪含量的关系与年龄、性别、脂肪堆积量及测量技术有关。成人皮下脂肪占全身脂肪三分之一，在新生儿则占70%～80%。目前国内尚无不同年龄组儿童皮褶厚度正常百分位数可参考。
体重指数（BMI） BMI=体重（kg）/身高（m2），此数值在儿童青少年期，随年龄而变化。BMI处于同年龄85百分位以上者为超重。在成年人，1998年WHO公布的标准为：BMI介于18.5～24.9为正常；25.0～29.9为超重；≥30.0为肥胖。其中30.0～34.9为Ⅰ度，35.0～39.9为Ⅱ度，≥40.0为Ⅲ度。考虑到亚洲人的遗传及环境因素和局部脂肪积聚的特点与欧美人不同，2000年2月，WHO西太平洋地区肥胖症特别工作组提出了亚洲成人体重分级建议，即：BMI介于18.5～22.9为正常；≥23.0为超重；25.0～29.9为Ⅰ度肥胖；≥30.0为Ⅱ度肥胖。
身高标准体重 根据不同身高列出相应标准体重作为标准进行评价，该方法是WHO推荐的普遍应用的方法。身高别体重超过参照人群的20%作为诊断肥胖的界值点。超过20%～29%为轻度肥胖，30%～49%为中度肥胖，超过50%为重度肥胖。