先天性梅毒性角膜基质炎是先天性梅毒最常见的迟发表现，多在青少年时期（5～20岁）发病。发病初期为单侧，数周至数月后常累及双眼。女性发病多于男性。起病时可有眼痛、流泪、畏光等刺激症状，视力明显下降。早期可见典型的扇形角膜炎症浸润和KP。随着病情进展，出现角膜基质深层的新生血管，在角膜板层间呈红色毛刷状，最终炎症扩展至角膜中央，角膜混浊水肿。炎症消退后，水肿消失，少数患者遗留厚薄不同的瘢痕，萎缩的血管在基质内表现为灰白色纤细丝状物，称为幻影血管。先天性梅毒除角膜基质炎外，还常合并Hutchinson齿、马鞍鼻、口角皲裂、马刀胫骨等先天性梅毒体征。快速梅毒血清学检查和特异性密螺旋体抗体实验（FTA-ABS和MHA-TP）有助于诊断。
后天性梅毒所致的角膜基质炎，临床少见，多单眼受累，炎症反应比先天性梅毒引起的角膜基质炎要轻，常侵犯角膜某一象限，伴有前葡萄膜炎。
结核性角膜基质炎较少见，多单眼发病，侵犯部分角膜，在基质的中、深层出现灰黄色斑块状或结节状浸润灶，有分支状新生血管侵入。病程缓慢，可反复发作，晚期角膜遗留浓厚瘢痕。 其他的角膜基质炎见于Cogan综合征（眩晕、耳鸣、听力丧失和角膜基质炎）、水痘-带状疱疹病毒、EB病毒感染以及腮腺炎、风疹、莱姆病、性病淋巴肉芽肿、 蟠尾丝虫病等疾病。