起重光赤奋若，尽玄黓摄提格，凡二年。
安皇帝丁隆安五年（辛丑，公元四零一年）
春，正月，武威王利鹿孤欲称帝，群臣皆劝之。安国将军鍮勿仑曰：“吾国自上世以来，被发左衽，无冠带之饰，逐水草迁徙，无城郭室庐，故能雄视沙漠，抗衡中夏。今举大号，诚顺民心。然建都立邑，难以避患，储畜仓库，启敌人心。不如处晋民于城郭，劝课农桑以供资储，帅国人以习战射。邻国弱则乘之，强则避之，此久长之良策也。且虚名无实，徒足为世之质的，将安用之！”利鹿孤曰：“安国之言是也。”乃更称河西王，以广武公傉檀为都督中外诸军事、凉州牧、录尚书事。
二月，丙子，孙恩出浃口，攻句章，不能拔。刘牢之击之，恩复走入海。
秦王兴使乞伏乾归还镇苑川，尽以其故部众配之。
凉王纂嗜酒好猎，太常杨颖谏曰：“陛下应天受命，当以道守之。今疆宇日蹙，崎岖二岭之间，陛下不兢兢夕惕以恢弘先业，而沈湎游畋，不以国家为事，臣窃危之。”纂逊辞谢之，然犹不悛。番禾太守吕超擅击鲜卑思盘，思盘遣其弟乞珍诉于纂，纂命超及思盘皆入朝。超惧，至姑臧，深自结于殿中监杜尚。纂见超，责之曰：“卿恃兄弟桓桓，乃敢欺吾。要当斩卿，天下乃定！”超顿首谢。纂本以恐愒超，实无意杀之。因引超、思盘及群臣同宴于内殿。超兄中领军隆数劝纂酒，纂醉，乘步挽车，将超等游禁中。至琨华堂东阁，车不得过，纂亲将窦川、骆腾倚剑于壁，推车过閤。超取剑击纂，纂下车禽超，超刺纂洞胸；川、腾与超格战，超杀之。纂后杨氏命禁兵讨超，杜尚止之，皆舍仗不战。将军魏益多入，取纂首，杨氏曰：“人已死，如土石，无所复知，何忍复残其形骸乎！”益多骂之，遂取纂首以徇，曰：“纂违先帝之命，杀太子而自立，荒淫暴虐。番禾太守超顺人心而除之，以安宗庙。凡我士庶，同兹休庆！”
纂叔父巴西公佗、弟陇西公纬皆在北城。或说纬曰：“超为逆乱，公以介弟之亲，仗大义而讨之。姜纪、焦辨在南城，杨桓、田诚在东苑，皆吾党也，何患不济！”纬严兵欲与佗共击超。佗妻梁氏止之曰：“纬、超俱兄弟之子，何为舍超助纬，自为祸首乎！”佗乃谓纬曰：“超举事已成，据武库，拥精兵，图之甚难。且吾老矣，无能为也。”超弟邈有宠于纬，说纬曰：“纂贼杀兄弟，隆、超顺人心而讨之，正欲尊立明公耳。方今明公先帝之长子，当主社稷，人无异望，夫复何疑！”纬信之，乃与隆、超结盟，单马入城；超执而杀之。让位与隆，隆有难色。超曰：“今如乘龙上天，岂可中下！”隆遂即天王位，大赦，改元神鼎。尊母卫氏为太后；妻杨氏为后；以超为都督中外诸军事、辅国大将军、录尚书书事，封安定公；谥纂曰灵帝。
纂后杨氏将出宫，超恐其挟珍宝，命索之。杨氏曰：“尔兄弟不义，手刃相屠。我旦夕死人，安用宝为！”超又问玉玺所在，杨氏曰：“已毁之矣。”后有美色，超将纳之，谓其父右仆射桓曰：“后若自杀，祸及卿宗！”桓以告杨氏。杨氏曰：“大人卖女与氐以图富贵，一之谓甚，其可再乎！”遂自杀，谥曰穆后。桓奔河西王利鹿孤，利鹿孤以为左司马。
三月，孙恩北趣海盐，刘裕随而拒之，筑城于海盐故治。恩日来攻城，裕屡击破之，斩其将姚盛。城中兵少不敌，裕夜偃旗匿众，明晨开门，使羸疾数人登城。贼遥问刘裕所在，曰：“夜已走矣。”贼信之，争入城。裕奋击，大破之。恩知城不可拔，乃进向沪渎，裕复弃城追之。
海盐令鲍陋遣子嗣之帅吴兵一千，请为前驱。裕曰：“贼兵甚精，吴人不习战，若前驱失利，必败我军；可在后为声势。”嗣之不从。裕乃多伏旗鼓，前驱既交，诸伏皆出。裕举旗鸣鼓，贼以为四面有军，乃退。嗣之追之，战没。裕且战且退，所领死伤且尽，至向战处，令左右脱取死人衣以示闲暇。贼疑之，不敢逼。裕大呼更战，贼惧而退，裕乃引归。
河西王利鹿孤伐凉，与凉王隆战，大破之，徙二千馀户而归。
夏，四月，辛卯，魏人罢鄴行台，以所统六郡置相州，以庾岳为刺史。
乞伏乾归至苑川，以边芮为长名，王松寿为司马，公卿、将帅皆降为僚佐偏裨。
北凉王业惮沮渠蒙逊勇略，欲远之；蒙逊亦深自晦匿，业以门下侍郎马权代蒙逊为张掖太守。权素豪隽，为业所亲重，常轻侮蒙逊。蒙逊谮之于业曰：“天下不足虑，惟当忧马权耳。”业遂杀权。
蒙逊谓沮渠男成曰：“段公无鉴断之才，非拨乱之主，向所惮者惟索嗣、马权。今皆已死，蒙逊欲降之以奉兄，何如？”男成曰：“业本孤客，为吾家所立，恃吾兄弟，犹鱼之有水。夫人亲信我而图之，不祥。蒙逊乃求为西安太守。业喜其出外，许之。
蒙逊与男成约同祭兰门山，而阴使司马许咸告业曰：“男成欲以取假日为乱。若求祭兰门山，臣言验矣。”至期，果然。业收男成，赐死。男成曰：“蒙逊先与臣谋反，臣以兄弟之故。隐而不言。今以臣在，恐部众不从，故约臣祭山而返诬臣，其意欲王之杀臣也。乞诈言臣死，暴臣罪恶，蒙逊必反；臣然后奉王命而讨之，无不克矣。”业不听，杀之。蒙逊泣告众曰：“男成忠于段王，而段王无故枉杀之，诸君能为报仇乎？且始者共立段王，欲以安众耳，今州土纷乱，非段王所能济也。”男成素得众心，众皆愤泣争奋，比至氐池，众逾一万。镇军将军臧莫孩帅所部降之，羌、胡多起兵应蒙逊者。蒙逊进壁侯坞。
业先疑右将军田昂，囚之；至是召昂，谢而赦之，使与武卫将军梁中庸共讨蒙逊。别将王丰孙言于业曰：“西平诸田，世有反者。昂貌恭而心险，不可信也。”业曰：“吾疑之久矣，但非昂无可以讨蒙逊者。”昂至侯坞，帅骑五百降于蒙逊，业军遂溃，中庸亦诣蒙逊降。
五月，蒙逊至张掖，田昂兄子承爱斩关内之，业左右皆散。蒙逊至，业谓蒙逊曰：“孤孑然一己，为君家所推，愿匄馀命，使得东还与妻子相见。”蒙逊斩之。
业，儒素长者，无他权略，威禁不行，群下擅命；尤信卜筮、巫觋，故至于败。
沮渠男成之弟富占、将军俱傫帅户五百降于河西王利鹿孤。傫，石子之子也。
孙恩陷沪渎，杀吴国内史袁崧，死者四千人。
凉王隆多杀豪望以立威名，内外嚣然。人不自保。魏安人焦朗遣使说秦陇西公硕德曰：“吕氏自武皇弃世，兄弟相攻，政纲不立，竞为威虐。百姓饥馑，死者过半。今乘其纂夺之际，取之易于返掌，不可失也。”硕德言于秦王兴，帅步骑六万伐凉，乞伏乾归帅骑七千从之。
六月，甲戌，孙恩浮海奄至丹徒，战士十馀万，楼船千馀艘，建康震骇。乙亥，内外戒严，百官入居省内。冠军将军高素等守石头，辅国将军刘袭栅断淮口，丹阳尹司马恢之戍南岸，冠军将军桓谦等备白石，左卫将军王嘏等屯中堂，征豫州刺史谯王尚之入卫京师。
刘牢之自山阴引兵邀击恩，未至而恩已过，乃使刘裕自海盐入援。裕兵不满千人，倍道兼行，与恩俱至丹徒。裕众既少，加以涉远疲劳，而丹徒守军莫有斗志。恩帅众鼓噪，登蒜山，居民皆荷担而立。裕帅所领奔击，大破之，投崖赴水死者甚众，恩狼狈仅得还船。然恩犹恃其众，寻复整兵径向京师。后将军元显帅兵拒战，频不利。会稽王道子无他谋略，唯日祷蒋侯庙。恩来渐近，百姓恟惧。谯王尚之帅精锐驰至，径屯积弩堂。恩楼船高大，溯风不得疾行，数日乃至白石。恩本以诸军分散，欲掩不备；既而知尚之在建康，复闻刘牢之已还，至新洲，不敢进而去，浮海北走郁洲。恩别将攻陷广陵，杀三千人。宁朔将军高雅之击恩于郁洲，为恩所执。
桓玄厉兵训卒，常伺朝廷之隙，闻孙恩逼京师，建牙聚众，上疏请讨之。元显大惧。会恩退，元显以诏书止之，玄乃解严。
梁中庸等共推沮渠蒙逊为大都督、大将军、凉州牧、张掖公，赦其境内，改元永安。蒙逊署从兄伏奴为张掖太守、和平侯，弟挐为建忠将军、都谷侯，田昂为西郡太守，臧莫孩为辅国将军，房晷、梁中庸为左、右长史，张骘、谢正礼为左右司马。擢任贤才，文武咸悦。
河西王利鹿孤命群臣极言得失。西曹从事史暠曰：“陛下命将出征，往无不捷。然不以绥宁为先，唯以徙民为务；民安土重迁，故多离叛，此所以斩将拔城而地不加广也。”利鹿孤善之。
秋，七月，魏兗州刺史长孙肥将步骑二万南徇许昌，东至彭城，将军刘该降之。
秦陇西公硕德自金城济河，直趣广武，河西王利鹿孤摄广武守军避之。秦军至姑臧，凉王隆遣辅国大将军超、龙骧将军邈等逆战，硕德大破之，生擒邈，俘斩万计。隆婴城固守，巴西公佗帅东苑之众二万五千降于秦。西凉公暠、河西王利鹿孤、沮渠蒙逊各遣使奉表入贡于秦。
初，凉将姜纪降于河西王利鹿孤，广武公傉檀与论兵略，甚爱重之，坐则连席，出则同车，每谈论，以夜继昼。利鹿孤谓傉檀曰：“姜纪信有美才，然视候非常，必不久留于此，不如杀之。纪若入秦，必为人患。”傉檀曰：“臣以布衣之交待纪，纪必不相负也。”八月，纪将数十骑奔秦军，说硕德曰：“吕隆孤城无援，明公以大军临之，其势必请降；然彼徙文降而已，未肯遂服也。请给纪步骑三千，与王松匆因焦朗、华纯之众，伺其衅隙，隆不足取也。不然，今秃发在南，兵强国富，若兼姑臧而据之，威势益盛，沮渠蒙逊、李暠不能抗也，必将归之，如此，则为国家之大敌矣。”硕德乃表纪为武威太守。配兵二千，屯据晏然。
秦王兴闻杨桓之贤而征之，利鹿孤不敢留。
诏以刘裕下邳太守，讨孙恩于郁洲，累战，大破之。恩由是衰弱，复缘海南走，裕亦随而邀击之。
燕王盛惩其父宝以懦弱失国，务峻威刑，又自矜聪察，多所猜忌，群臣有纤介之嫌，皆先事诛之。由是宗亲、勋旧，人不自保。丁亥，左将军慕容国与殿上将军秦舆、段赞谋帅禁兵袭盛，事发，死者五百馀人。壬辰夜，前将军段玑与秦舆之子兴、段赞之子泰潜于禁中鼓噪大呼。盛闻变，帅左右出战，贼众逃溃。玑被创，匿厢屋间。俄有一贼从暗中击盛，盛被伤，辇升前殿，申约禁卫，事宁而卒。
中垒将军慕容拔、冗从仆射郭仲白太后丁氏，以为国家多难，宜立长君。时众望在盛弟司徒、尚书令、平原公元，而河间公熙素得幸于丁氏，丁氏乃废太子定，密迎熙入宫。明旦，群臣入朝，始知有变，因上表劝进于熙。熙以让元，元不敢当。癸巳，熙即天王位，捕获段玑等，皆夷三族。甲午，大赦。丙申，平原公元以嫌赐死。闰月，辛酉，葬盛于兴平陵，谥曰昭武皇帝，庙号中宗。丁氏送葬未还，中领军慕容提、步军校尉张佛等谋立故太子定，事觉，伏诛，定亦赐死。丙寅，大赦，改元光始。
秦陇西公硕德围姑臧累月，东方之人在城中者多谋外叛，魏益多复诱扇之，欲杀凉王隆及安定公超，事发，坐死者三百馀家。硕德抚纳夷、夏，分置守宰，节食聚粟。为持久之计。
凉之群臣请与秦连和，隆不许。安守公超曰：“今资储内竭，上下嗷嗷，虽使张、陈复生，亦无以为策。陛下当思权变屈伸，何爱尺书、单使为卑辞以退敌！敌去之后，修德政以息民，若卜世未穷，何忧旧业之不复！若天命去矣，亦可以保全宗族。不然，坐守困穷，终将何如！”隆乃从之，九月，遣使请降于秦。硕德表隆为镇西大将军、凉州刺史、建康公。隆遣子弟及文武旧臣慕容筑、杨颖等五十馀家入质于长安。硕德军令严整，秋毫不犯，祭先贤，礼名士，西土悦之。
沮渠蒙逊所部酒泉、凉宁二郡叛降于西凉，又闻吕隆降秦，大惧，遣其弟建忠将军挐、牧府长史张潜见硕德于姑臧，请帅其众东迁。硕德喜，拜潜张掖太守，挐建康太守。潜劝蒙逊东迁。挐私谓蒙逊曰：“姑臧未拔，吕氏犹存，硕德粮尽将还，不能久也。何为自弃土宇，受制于人乎！”臧莫孩亦以为然。
蒙逊遣子奚念为质于河西王利鹿孤，利鹿孤不受，曰：“奚念年少，可遣挐也。”冬，十月，蒙逊复遣使上疏于利鹿孤曰：“臣前遣奚念具披诚款，而圣旨未昭，复征弟挐。臣窃以为苟有诚信，则子不为轻；若其不信，则弟不为重。今寇难未夷，不获奉诏，愿陛下亮之。”利鹿孤怒，遣张松侯俱延、兴城侯文支将骑一万袭蒙逊，至万岁临松，执蒙逊从弟鄯善苟子，虏其民六千馀户。蒙逊从叔孔遮入朝于利鹿孤，许以挐为质。利鹿孤乃归其所掠，召俱延等还。文支，利鹿孤之弟也。
南燕主备德宴群臣于延贤堂，酒酣，谓君臣曰：“朕可方自古何等主？”青州刺史鞠仲曰：“陛下中兴圣主，少康、光武之俦。”备德顾左右赐仲帛千匹，仲以所赐多，辞之。备德曰：“卿知调朕，朕不知调卿邪！卿所以非实，故朕亦以虚言赏卿耳。”韩范进曰：“天子无戏言。今日之论，君臣俱失。”备德大悦，赐范绢五十匹。
备德母及兄纳皆在长安，备德遣平原人杜弘往访之。弘曰：“臣至长安，若不奉太后动止，当西如张掖，以死为效。臣父雄年逾六十，乞本县之禄以申乌鸟之情。”中书令张华曰：“杜弘未行而求禄，要君之罪大矣。”备德曰：“弘为君迎母，为父求禄，忠孝备矣，何罪之有！”以雄为平原令。弘至张掖，为盗所杀。
十一月，刘裕追孙恩至沪渎、海盐，又破之，俘斩以万数，恩遂自浃口远窜入海。
十二月，辛亥，魏主珪遣常山王遵、定陵公和跋帅众五万袭没弈干于高平。
乙卯，魏虎威将军宿沓干伐燕，攻令支；乙丑，燕中领军宇文拔救之。壬午，宿沓干拔令支而戍之。
吕超攻姜纪，不克，遂攻焦朗。朗遣其弟子嵩为质于河西王利鹿孤以请迎，利鹿孤遣车骑将军傉檀赴之。比至，超已退，朗闭门拒之。何檀怒，将攻之，镇北将军俱延谏曰：“安土重迁，人之常情。朗孤城无食，今年不降，后年自服，何必多杀士卒以攻之！若其不捷，彼必去从他国。弃州境士民以资邻敌，非计也；不如以善言谕之。”檀乃与朗连和，遂曜兵姑臧，壁于胡阬。
傉檀知吕超必来斫营，畜火以待之。超夜遣中{畾土}将军王集帅精兵二千斫傉檀营，傉檀徐严不起。集入垒中，内外皆举火，光照如昼；纵兵击之，斩集及甲首三百馀级。吕隆惧，伪与檀通好，请于苑内结盟，傉檀遣俱延入盟，俱延疑其有伏，毁苑墙而入。超伏兵击之，俱延失马步走，氵夌江将军郭祖力战拒之，俱延乃得免。傉檀怒，攻其昌松太守孟礻韦于显美。隆遣广武将军荀安国、宁远将军石可帅骑五百救之。安国等惮傉檀之强，遁还。
桓玄表其兄伟为江州刺史，镇夏口；司马刁畅为辅国将军、督八郡军事，镇襄阳；遣其将皇甫敷、冯该戍湓口。移沮、漳蛮二千户于江南，立武宁郡；更招集流民，立绥安郡。诏征广州刺史刁逵、豫章太守郭昶之，玄皆留不遣。
玄自谓有晋国三分之二，数使人上己符瑞，欲以惑众；又致笺于会稽王道子曰：“贼造近郊，以风不得进，以雨不致火，食尽故去耳，非力屈也。昔国宝死后，王恭不乘此威入统朝政，足见其心非侮于明公也，而谓之不忠。今之贵要腹心，有时流清望者谁乎？岂可云无佳胜！直是不能信之耳！尔来一朝一夕，遂成今日之祸。在朝君子皆畏祸不言，玄忝任在远，是以披写事实。”元显见之，大惧。
张法顺谓元显曰：“桓玄承籍世资，素有豪气，既并殷、扬，专有荆楚，第下之所控引止三吴耳。孙恩为乱，东土涂地，公私困竭，玄必乘此纵其奸凶，窃用忧之。”元显曰：“为之奈何？”法顺曰：“玄始得荆州，人情未附。方务绥抚，未暇他图。若乘此际使刘牢之为前锋，而第下以大军继进，玄可取也。”元显以为然。会武昌太守庾楷以玄与朝廷构怨，恐事不成，祸及于己，密使人自结于元显，云：“玄大失人情，众不为用，若朝廷遣军，己当为内应。”元显大喜，遣张法顺至京口，谋于刘牢之；牢之以为难。法顺还，谓元显曰：“观牢之言色，必贰于我，不如召入杀之；不尔，败人大事。”元显不从。于是大治水军，征兵装舰，以谋讨玄。
安皇帝丁元兴元年（壬寅，公元四零二年）
春，正月，庚午朔，下诏罪状桓玄，以尚书令元显为骠骑大将军、征讨大都督、都督十八州诸军事，加黄钺，又以镇北将军刘牢之为前锋都督，前将军谯王尚之为后部，因大赦，改元，内外戒严；加会稽王道子太傅。
元显欲尽诛诸桓。中护军桓修，骠骑长史王诞之甥也，诞有宠于元显，因陈修等与玄志趣不同，元显乃止。诞，导之曾孙也。
张法顺言于元显曰：“桓谦兄弟每为上流耳目，宜斩之以杜奸谋。且事之济不，系在前军，而牢之反覆，万一有变，则祸败立至。可令牢之杀谦兄弟以示无贰心，若不受命，当逆为其所。”元显曰：“今非牢之，无以知玄；且始事而诛大将，人情不安。”再三不可。又以桓氏世为荆土所附，桓冲特有遗惠，而谦，冲之子也，乃自骠骑司马除都督荆、益、宁、梁四州诸军事、荆州刺史，欲以结西人之心。
丁丑，燕慕容拔攻魏令支戍，克之，宿沓干走，执魏辽西太守那颉。燕以拔为幽州刺史，镇令支，以中坚将军辽西阳豪为本郡太守。丁亥，以章武公渊为尚书令，博陵公虔为尚书左仆射，尚书王腾为右仆射。
戊子，魏材官将国和突攻黜弗、素古延等诸部，破之。初，魏主珪遣北部大人贺狄干献马千匹求昏于秦，秦王兴闻珪已立慕容后，止狄干而绝其昏；没弈干、黜弗、素古延，皆秦之属国也，而魏攻之，由是秦、魏有隙。庚寅，珪大阅士马，命并州诸郡积谷于平阳之乾壁，以备秦。
柔然社仑方睦于秦，遣将救黜弗、素古延；辛卯，和突逆击，大破之，社帅仑其部落远遁漠北，夺高车之地而居之。斛律部帅倍侯利击社仑，大为所败，倍侯利奔魏。社仑于是西北击匈奴遗种日拔也鸡，大破之，遂吞并诸部，士马繁盛，雄于北方。其地西至焉耆，东接朝鲜，南临大漠，旁侧小国皆羁属焉。自号豆代可汗。始立约束，以千人为军，军有将；百人为幢，幢有帅。攻战先登者赐以虏获，畏懦者以石击其首而杀之。
秃发礻韦檀克显美，执孟礻韦而责之，以其不早降。礻韦曰：“礻韦受吕氏厚恩，分符守土；若明公大军甫至，望旗归附，恐获罪于执事矣。”礻韦檀释而礼之，徙二千馀户而归，以礻韦为左司马。礻韦辞曰：“吕氏将亡，圣朝必取河右，人无愚智皆知之。但礻韦为人守城不能全，复忝显任，于心窃所未安。若蒙明公之惠，使得就戮姑臧，死且不朽。”礻韦檀义而归之。
东土遭孙恩之乱，因以饥馑，漕运不继。桓玄禁断江路，商旅俱绝，公私匮乏，以粰、橡给士卒。玄谓朝廷方多忧虞，必未暇讨己，可以蓄力观衅。及大军将发，从兄太傅长史石生密以书报之。玄大惊，欲完聚保江陵。长史卞范之曰：“明公英威振于远近，元显口尚乳臭，刘牢之大失物情，若兵临近畿，示以祸福，土崩之势可翘足而待，何有延敌入境，自取穷蹙者乎！”玄从之，留桓伟守江陵，抗表传檄，罪状元显，举兵东下。檄至，元显大惧。二月，丙午，帝饯元显于西池，元显下船而不发。
癸丑，魏常山王遵等至高平，没弈干弃其部众，帅数千骑与刘勃勃奔秦州。魏军追至瓦亭，不及而还，尽获其府库蓄积，马四万馀匹，杂畜九万馀口，徙其民于代都，馀种分迸。平阳太守贰尘复侵秦河东，长安大震，关中诸城昼闭，秦人简兵训卒以谋伐魏。
秦王兴立子泓为太子，大赦。泓孝友宽和，喜文学，善谈咏，而懦弱多病。兴欲以为嗣，而狐疑不决，久乃立之。
姑臧大饥，米斗直钱五千，人相食，饥死者十馀万口。城门昼闭，樵采路绝，民请出城为胡虏奴婢者，日有数百，吕隆恶其沮动众心，尽坑之，积尸盈路。沮渠蒙逊引兵攻姑臧，隆遣使求救于河西王利鹿孤，利鹿孤遣广武公傉檀帅骑一万救之，未至，隆击破蒙逊军，蒙逊请与隆盟，留谷万馀斛遣之而还。傉檀至昌松，闻蒙逊已退，乃徙泽段冢民五百馀户而还。
中散骑常侍张融言于利鹿孤曰：“焦朗兄弟据魏安，潜通姚氏，数为反覆，今不取，后必为朝廷忧。”利鹿孤遣傉檀讨之，朗面缚出降，傉檀送于西平，徙其民于乐都。
桓玄发江陵，虑事不捷，常为西还之计。及过寻阳，不见官军，意甚喜，将士之气亦振。庾楷谋泄，玄囚之。丁巳，诏遣齐王柔之以驺虞幡宣告荆、江二州，使罢兵；玄前锋杀之。柔之，宗之子也。
丁卯，玄至姑孰，使共将冯该等攻历阳，襄城太守司马休之婴城固守。玄军断洞浦，焚豫州舟舰。豫州刺史谯王尚之帅步卒九千阵于浦上，遣武都太守杨秋屯横江，秋降于玄军。尚之众溃，逃于涂中，玄捕获之。司马休之出战而败，弃城走。
刘牢之素恶骠骑大将军元显，恐桓玄既灭，元显益骄恣，又恐己功名愈盛，不为元显所容，且自恃材武，拥强兵，欲假玄以除执政，复伺玄之隙而自取之，故不肯讨玄。元显日夜昏酣，以牢之为前锋。牢之骤诣门，不得见，及帝出饯元显，遇之公坐而已。
牢之军溧洲，参军刘裕请击玄，牢之不许。玄使牢之族舅何穆说牢之曰：“自古戴震主之威，挟不赏之功而能自全者，谁邪？越之文种，秦之白起，汉之韩信，皆事明主，为之尽力，功成之日，犹不免诛夷，况为凶愚者之用乎！君如今日战胜则倾宗，战败则覆族，欲以此安归乎！不若翻然改图，则可以长保富贵矣。古人射钩、斩祛，犹不害为辅佐，况玄与君无宿昔之怨乎！”时谯王尚之已败，人情愈恐，牢之颇纳穆言，与玄交通。东海中尉东海何无忌，牢之之甥也，与刘裕极谏，不听。其子骠骑从事中郎敬宣谏曰：“今国家衰危，天下之重在大人与玄。玄藉父、叔之资，据有全楚，割晋国三分之二，一朝纵之使陵朝廷，玄威望既成，恐难图也，董卓之变，将在今矣。”牢之怒曰：“吾岂不知！今日取玄如反覆手耳；但平玄之后，令我奈骠骑何！”三月，乙巳朔，牢之遣敬宣诣玄请降。玄阴欲诛牢之，乃与敬宣宴饮，陈名书画共观之，以安悦其意；敬宣不之觉，玄佐吏莫不相视而笔。玄板敬宣为咨议参军。
元显将发，闻玄已至新亭，弃船，退屯国子学。辛未，陈于宣阳门外。军中相惊，言玄已至南桁，元显引兵欲还宫。玄遣人拔刀随后大呼曰：“放仗！”军人皆崩溃，元显乘马走入东府，唯张法顺一骑随之。元显问计于道子，道子但对之涕泣。玄遣太傅从事中郎毛泰收元显送新亭，缚于舫前而数之。元显曰：“为王诞、张法顺所误耳。”
壬申，复隆安年号，帝遣侍中劳玄于安乐渚。玄入京师，称诏解严，以玄总百揆、都督中外诸军事、丞相、录尚书事、扬州牧、领徐、荆、江三州刺史，假黄钺。玄以桓伟为荆州刺史，桓谦为尚书左仆射，桓修为徐、兗二州刺史，桓石生为江州刺史，卞范之为丹阳尹。
初，玄之举兵，侍中王谧奉诏诣玄，玄亲礼之。及玄辅政，以谧为中书令。谧，导之孙也。新安太守殷仲文，觊之弟也，玄姊为仲文妻。仲文闻玄克京师，弃郡投玄，玄以为咨议参军。刘迈往见玄，玄曰：“汝不畏死，而敢来邪？”迈曰：“射钩斩祛，并迈为三。”玄悦，以为参军。
癸酉，有司奏会稽王道子酣纵不孝，当弃市，诏徙安成郡；斩元显及东海王彦璋、谯王尚之、庾楷、张法顺、毛泰等于建康市。桓修为王诞固请，得流岭南。
玄以刘牢之为会稽内史。牢之曰：“始尔，便夺我兵，祸其至矣！”刘敬宣请归谕牢之，使受命，玄遣之。敬宣劝牢之袭玄，牢之犹豫不决，移屯班渎，私告刘裕曰：“今当北就高雅之于广陵，举兵以匡社稷，卿能从我去乎？”裕曰：“将军以劲卒数万，望风降服，彼新得志，威震天下，朝野人情皆已去矣，广陵岂可得至邪！裕当反服还京口耳。”何无忌谓裕曰：“我将何之？”裕曰：“吾观镇北必不免，卿可随我还京口。桓玄若守臣节，当与卿事之；不然，当与卿图之。”
于是牢之大集僚佐，议据江北以讨玄。参军刘袭曰：“事之不可者莫大于反。将军往年反王兗州，近日反司马郎君，今复反桓公；一人三反，何以自立！”语毕，趋出，佐吏多散走。牢之惧，使敬宣之京口迎家；失期不至，牢之以为事已泄，为玄所杀，乃帅部曲北走，至新洲，缢而死。敬宣至，不暇哭，即渡江奔广陵。将吏共殡敛牢之，以其丧归丹徒。玄令斫棺斩首，暴尸于市。
大赦，改元大亨。
桓玄让丞相荆、江、徐三州，改授太尉、都督中外诸军事、扬州牧、领豫州刺史，总百揆；以琅邪王德文为太宰。
司马休之、刘敬宣、高雅之俱奔洛阳，各以子弟为质于秦以求救。秦王兴与之符信，使于关东募兵，得数千人，复还屯彭城间。
孙恩寇临海，临海太守辛景击破之，恩所虏三吴男女，死亡殆尽。恩恐为官军所获，乃赴海死，其党及妓妾从死者以百数，谓之“水仙”。馀众数千人复推恩妹夫卢循为主。循，谌之曾孙也，神采清秀，雅有材艺。少时，沙门惠远尝谓之曰：“君虽体涉风素，而志存不轨，如何？”太尉玄欲抚安东土，乃以循为永嘉太守。循虽受命，而寇暴不已。甲戌，燕大赦。
河西王秃发利鹿孤寝疾，遣令以国事授弟傉檀。初，秃发思复鞬爱重傉檀，谓诸子曰：“傉檀器识，非汝曹所及也。”故诸兄不以传子而传于弟。利鹿孤在位，垂拱而已，军国大事皆委于傉檀。利鹿孤卒，傉檀袭位，更称凉王，改元弘昌，迁于乐都，谥利鹿孤曰康王。
夏，四月，太尉玄出屯姑孰，辞录尚书事，诏许之，而大政皆就咨焉，小事则决于尚书令桓谦及卞范之。
自隆安以来，中外之人厌于祸乱。及玄初至，黜奸佞，擢俊贤，京师欣然，冀得少安。既而玄奢豪纵逸，政令无常，朋党互起，陵侮朝廷，裁损乘舆供奉之具，帝几不免饥寒，由是众心失望。三吴大饥，户口减半，会稽减什三、四，临海、永嘉殆尽，富室皆衣罗纨，怀金玉，闭门相守饿死。
乞伏炽磐自西平逃归苑川，南凉王傉檀归其妻子。乞伏乾归使炽磐入朝于秦，秦主兴以炽磐为兴晋太守。
五月，卢循自临海入东阳，太尉玄遣抚军中兵参军刘裕将兵击之，循败，走永嘉。
高句丽攻宿军，燕平州刺史慕容归弃城走。
秦主兴大发诸军，遣义阳公平、尚书右仆射狄伯支等将步骑四万伐魏，兴自将大军继之，以尚书令姚晃辅太子泓守长安，没弈干权镇上邽，广陵公钦权镇洛阳。平攻魏乾壁六十馀日，拔之。秋，七月，魏主珪遣毘陵王顺及豫州刺史长孙肥将六万骑为前锋，自将大军继发以击之。
八月，太尉玄讽朝廷以玄平元显功封豫章公，平殷、杨功封桂阳公，并本封南郡如故。玄以豫章封其子昇，桂阳封其兄子俊。
魏主珪至永安，秦义阳公平遣骁将帅精骑二百觇魏军，长孙肥逆击，尽禽之。平退走，珪追之，乙巳，及于柴壁。平婴地固守，魏军围之。秦王兴将兵四万七千救之，将据天渡运粮以馈平。魏博士李先曰：“兵法：高者为敌所栖，深者为敌所囚。今秦皆犯之，宜及兴未至，遣奇兵先据天渡，柴壁可不战而取也。”珪命增筑重围，内以防平之出，外以拒兴之入。广武将军安同曰：“汾东有蒙坑，东西三百馀里，蹊径不通。兴来，必从汾西直临柴壁；如此，虏声势相接，重围虽固，不能制也。不如为浮梁，渡汾西，筑围以拒之。虏至，无所施其智力矣。”珪从之。兴至蒲阪，惮魏之强，久乃进兵。甲子，珪帅步骑三万逆击兴于蒙坑之南，斩首千馀级，兴退走四十馀里，平亦不敢出。珪乃分兵四据险要，使秦兵不得近柴壁。兴屯汾西，赁壑为垒，束柏树从汾上流纵之，欲以毁浮梁，魏人皆钩取以为薪蒸。
冬，十月，平粮竭矢尽，夜，悉众突西南围求出；兴列兵汾西，举烽鼓噪为应。兴欲平力战突免，平望兴攻围引接，但叫呼相和，莫敢逼围。平不得出，计穷，乃帅麾下赴水死，诸将多从平赴水；珪使善游者钩捕之，无得免者。执狄伯支及越骑校尉唐小方等四十馀人，馀众二万馀人皆敛手就禽。兴坐视其穷，力不能救。举军恸哭，声震山谷。数遣使求和于魏，珪不许，乘胜进攻蒲阪，秦晋公绪固守不战。会柔然谋伐魏，珪闻之，戊申，引兵还。
或告太史令晁崇及弟黄门侍郎懿潜召秦兵，珪至恶阳，赐崇、懿死。
秦徙河西豪右万馀户于长安。
太尉玄杀吴兴太守高素、将军竺谦之及谦从兄朗之、刘袭并袭弟季武，皆刘牢之北府旧将也。袭兄冀州刺史轨邀司马休之、刘敬宣、高雅之等共据山阳，欲起兵攻玄，不克而走，将军袁虔之、刘寿、高长庆、郭恭等皆往从之。将奔魏，至陈留南，分为二辈：轨、休之、敬宣奔南燕；虔之、寿、长庆、恭奔秦。
魏主珪初闻休之等当来，大喜。后怪其不至，令兗州求访，获，其从者，问其故，皆曰：“魏朝威声远被，是以休之等咸欲归附；既而闻崔逞被杀，故奔二国。”珪深悔之。自是士人有过，颇见优容。
南凉王傉檀攻吕隆于姑臧。
燕王熙纳故中山尹苻谟二女，长曰戎娥，为贵人，幼曰训英，为贵嫔，贵嫔尤有宠。丁太后怨恚，与兄子尚书信谋废熙立章武公渊。事觉，熙逼丁太后自杀，葬以后礼，谥曰献幽皇后。十一月，戊辰，杀渊及信。
辛未，熙畋于北原，石城令高和与尚方兵于后作乱，杀司隶校尉张显，入掠宫殿，取库兵，胁营署，闭门乘城。熙驰还，城上人皆投仗开门；尽诛反者，唯和走免。甲戌，大赦。
魏以庾岳为司空。
十二月，辛亥，魏主珪还云中。
柔然可汗社仑闻珪伐秦，自参合陂侵魏，至豺山，及善无北泽，魏常山王遵以万骑追之，不及而还。
太尉玄使御史杜林防卫会稽文孝王道子至安成，林承玄旨，鸩道子，杀之。
沮渠蒙逊所署西郡太守梁中庸叛，奔西凉。蒙逊闻之，笑曰：“吾待中庸，恩如骨肉，而中庸不我信，但自负耳，孤岂在此一人邪！”乃尽归其孥。西凉公暠问中庸曰：“我何如索嗣？”中庸曰：“未可量也。”暠曰：“嗣才度若敌我者，我何能于千里之外以长绳绞其颈邪？”中庸曰：“智有短长，命有成败。殿下之与索嗣，得失之理，臣实未之能详。若以身死为负，计行为胜，则公孙瓚岂贤于刘虞邪？”暠默然。
袁虔之等至长安，秦王兴问曰：“桓玄才略何如其父？卒能成功乎？”虔之曰：“玄乘晋室衰乱，盗据宰衡，猜忌安忍，刑赏不公。以臣观之，不如其父远矣。玄今已执大柄，其势必将篡逆，正可为他人驱除耳。”兴善之，以虔之为广州刺史。
是岁，秦王兴立昭仪张氏为皇后，封子懿、弼、洸、宣、谌、愔、璞、质、逵、裕、国儿皆为公，遣使拜秃发傉檀为车骑将军、广武公，沮渠蒙逊为镇西将军、沙州刺史、西海侯，李暠为安西将军、高昌候。
秦镇远将军赵曜帅二万西屯金城，建节将军王松匆帅骑助吕隆守姑臧。松匆至魏安，傉檀弟文真击而虏之。傉檀大怒，送松匆还长安，深自陈谢。