邓元锡字汝极，号潜谷，江西南城人。年十三，从黄在川学，喜观经史，人以为不利举业，在川曰：“譬之豢龙，随其所嗜，岂必膏粱耶？”年十七，即能行社仓法，以惠其乡人。闻罗近溪讲学，从之游。继往吉州，谒诸老先生，求明此学，遂欲弃举子业。大母不许。举嘉靖乙卯乡试。志在养母，不赴计偕。就学於邹东廓、刘三五，得其旨要。居家著述，成《五经绎函史》。数为当路荐举，万历壬辰，授翰林待诏，府县敦趣就道。明年，辞墓将行，以七月十四日卒於墓所，年六十六。
时心宗盛行，谓“学惟无觉，一觉无余蕴，九思、九容、四教、六艺，桎梏也。”先生谓：“九容不修，是无身也；九思不慎，是无心也。”每日晨起，令学者静坐收摄放心，至食时，次第问当下心体，语毕，各因所至为觉悟之。先生之辨儒释，自以为发先儒之所未发，然不过谓本同而末异。先儒谓：“释氏之学，於敬以直内则有之矣，义以方外则未之有也。”又曰：“禅学只到止处，无用处。”又曰：“释氏谈道，非不上下一贯，观其用处，便作两截。”先生之意，不能出此，但先儒言简，先生言洁耳。
论学书
近世心宗盛行，说者无虑归於禅乘。公独揭天命本然纯粹至善为宗，异於诸法空相；以格物日可见之行，以有物有则为不过物之旨，异於空诸所有。此公深造独得之旨，而元锡窃自附於见知者也。今改而曰：“荡清物欲。”窃以为，物不可须臾离。诚者，物之终始，内而身心意知，外而家国天下，无非物者，各有其则。九容、九思、三省、四勿皆日用格物之实功，诚致行之，物欲自不得行乎其中，此四科、六艺、五礼、六乐之所以教也。
《曲礼》称：“敖不可长，欲不可纵。”敖欲即物，不可长不可纵，即物之则，不长敖纵欲，即不过乎物则。去欲固格物中之一事。（以上《复许敬菴》）
心之着於物也，神为之也。心之神，上炎而外明，犹火然，得膏而明，得薰而香，得臭腐而羶，故火无体，着物以为体。心无形，着物以为形，而其端莫大於好恶。物感於外，好恶形於内，不能内反，则其为好恶也作，而平康之体微。故圣门之学，止於存诚，精於研几。几者，神之精而明，微而幽者也，非逆以知来，退以藏往，未之或知也。孔门之论性曰“至善”，论几曰“动之微”，言好恶不作，则无不康也，无不平也。神疑而定，知止而藏，又何感应之为累矣。夫浮由气作，妄缘见生者也。气之善者十之五，见之善者十之三，神为气扬，知随见流，譬诸观火乎，目荧荧而心化矣。故神不浮则气归其宅，见不执则知反其虚。古人所以日兢兢於克己、舍己、择中、用中，而不能自已也。（《报万思默》）
古学平易简实，不离日用，“诚明”二字，实其枢纽。近里着己，时时从独觉处着察，俾与古人洞无间隔。
承谕“学不分内外寂感，浑然天则”，此极则语。第云“默自检点，内多迁移，虽吾丈检身若不及之诚，而以真性未悟，真功未精为疑，定犹惑於近学。谓‘一悟皆真’，亦纽於故学，为功深始得耶？”又云：“过此一关，想有平康之路，似犹悬臆。”窃意平康之体，即所谓无内外寂感，浑然无间，近在目前，不可得离者。而人心之危，无时无乡，即在上圣，犹之人也，则心犹之人，何能无迁移过则矣乎？惟在上圣，精一之功，一息匪懈，而所为学者，又精之一之，无一息离乎平康正直之体，故内外寂感，浑然一天，才有流转，自知自克。此古人所以死而后已者也。一息懈者肆矣，安肆日偷，於平康之则远矣。则平康实际，固非可一悟皆真，平康本体，又岂缘功深而得耶？（以上《寄王秦关书》）
昔东廓先生以先公墓表诣阳明公，而虔州夜雪，涣然仁体，以为世儒宗。今我公以先公墓石诣敬菴公，而苕溪暑雨，沦浃深至，当必有相观一笑者。（《答张亲屏书》）
辱谕又复於儒释异同之辨，开示觉悟，厚幸，厚幸！自释氏之说兴，而辨之者严，且千数百年於此矣，则圣学不明之过也。圣学之不明者，由於不择而不精。彼其为道，宏阔胜大，其为言，深精敏妙；其为实，日用平等；其为虚，交融徧彻；其为心，十方三界；其为教，宏济普度。汉拾其苴，晋扬其澜，入唐来，遂大发其窔奥。世之为儒学者，高未尝扣其阃奥，卑未尝涉其藩篱。其甚者，又阳攻其名，而阴攘其实。宜拒之者坚，而其为惑，滋不可解也。是故昌黎韩子推吾道於仁义，而斥其教以为不耕不蚕，不父不君，有卫道功矣。考亭朱子则谓“以粗而角精，以外而角内，固无以大厌其心也。”至其卓然自信於精一不惑者，代不数人，而约之数端。有以为主於经世，主於出世，而判之以公私者矣。有以为吾儒万理皆实，释氏万理皆虚，而判之以虚实者矣。有以为释氏本心，吾儒本天，而判之以本天本心者矣。有以为妄意天性，不知范围天用，以六根之微，因缘天地，而诬之以妄幻者矣。有以为厌生死，恶轮回，而求所谓脱离，弃人伦，遗事物，而求明其所谓心者矣。是举其精者内者，以剖析摘示，俾人不迷於所向，而深於道者，亦卒未能以终厌其心也。夫圣人之学，惟至於尽性至命，天下国家者，皆吾性命之物，修齐治平者，皆吾尽性至命中之事也。不求以经世，而经世之业成焉，以为主於经世，则有意矣。佛氏之学，惟主於了性明心，十方三世者，皆其妙觉性中之物，慈悲普度者，皆其了性命中之事也。无三界可出，而出世之教行焉，以为主於出世，则诬矣。吾儒理无不实，而“无方无体”，《易》实言之：“无声无臭”，《诗》实言之。则实者，曷尝不虚？释氏理无不虚，而搬柴运水，皆见真如，坐卧行住，悉为平等，则虚者，曷尝不实？释氏之所谓心，指夫性命之理，妙明真常，生化自然，圆融遍体者言之，即所谓天之命也，直异名耳，而直斥以本心，不无辞矣。夫其为妙明真常之心也，则天地之阖闢，古今之往来，皆变化出入於其间，故以为如梦如幻，如泡如影，而其真而常者，固其常住而不灭者也。岂其执幻有之心，以起灭天地，执幻有之相，以尘芥六合也乎？其生死轮回之说，则为世人执着於情识，沈迷於嗜欲，顷刻之中，生东灭西，变现出没，大可怜悯，欲使其悟夫性命之本，无生死无轮回者，而拔济之，为迷人设也。其弃人伦、遗事物之迹，则为世人执着於情识，沈迷於嗜欲，相攻相取，胶不可解，故群其徒而聚之，令其出家，以深明夫无生之本，而上报四恩，下济三涂，如儒者之聚徒入山耳，为未悟人设也。至於枯寂守空，排物逆机，彼教中以为支辟；见玄见妙，灵怪恍忽，彼教中以为邪魔，而儒者一举而委之於佛。彼方慈悯悲仰，弘济普度，而吾徒斥之以自私自利；彼方心佛中间，泯然不立，而吾徒斥之以是内非外。即其一不究其二，得其言不得其所以言，彼有哑然笑耳，又何能大厌其心乎？乃其毫釐千里之辨，则有端矣。盖道合三才而一之者也，其体尽於阴阳而无体，故谓之易；其用尽於阴阳而无方，故谓之神。其灿然有理，谓之理；其粹然至善，谓之性；其沛然流行，谓之命。无声无臭矣，而体物不遗；不见不闻矣，而莫见莫显。是中庸之所以为体，异教者欲以自异焉而不可得也。圣人者知是道人之尽於心，是心若是其微也。知此而精之之谓精，守此而固之之谓一，达此於五品、五常、百官、万务之交也，之谓明伦，之谓察物。变动不拘，周流六虚矣，而未始无典常之可揆；成文定象，精义利用矣，而未始有方体之可执。故无声无臭，无方无体者，道之体也。圣人於此体未尝一毫有所增，是以能立天下之大本。有物有则，有典有礼，道之用也。圣人於此体未尝一毫有所减，是以能行天下之达道。立大本，行达道，是以能尽天地人物之性，而与之参。《易》象其理，《诗》、《书》、《礼》、《乐》、《春秋》致其用，犹之天然，上天之载，无声无臭，而四时百物，自行自生也。故穷神知化，而适足以开物成务，广大悉备，而不遗於周旋曲折，几微神明，而不出於彝常物则，三至三无而不外於声诗礼乐。上智者克复於一日，夕死於朝闻，而未始无密修之功。中下者终始於典学，恒修於困勉，而未始无贯通之渐。同仁一视，而笃近以举远，汎爱兼容，而尊贤以尚功。夫是以范围不过，曲成不遗，以故能建三极之大中。释氏之於此体，其见甚亲，其悟甚超脱敏妙矣。然见其无声臭矣，而举其体物不遗者，一之於无物；见其无睹闻矣，而举其生化自然者，一之於无生。既无物矣，而物之终不可得无者，以非有非无，而一之於幻妄；既无生矣，而生之终不可得尽者，以为不尽而尽，而一之於灭度。明幻之为幻，而十方三界，亿由旬劫者，此无生之法界也。明生之无生，而胎卵湿化，十二种生者，此无生之心量也。弘济普度者，此之谓济也；平等日用者，此之谓平也；圆觉昭融者，此之谓觉也。虽其极则至於粟粒之藏真界，乾屎橛之为真人，嘘气举手，瞬目扬眉，近於吾道之中庸，而吾学之道中庸者，终未尝以庸其虑。虽其授受至於拈花一笑，棒喝交驰，拟议俱泯，心行路绝，近於圣门之一唯，而吾学之尽精微者，终未尝以撄其心。虽其行愿至於信住回向，层次阶级，近於圣门之积累，而圣门之《诗》、《书》、《礼》、《乐》经纬万古者，终未尝一或循其方。虽其功德至於六度万行，普济万灵，近於圣门之博爱，而圣门之《九经》三重范围曲成者，终未尝一以研诸虑。盖悟其无矣，而欲以无者空诸所有；悟其虚矣，而欲以虚者空诸所实。欲空诸所有，而有物有则，有典有礼者，不能不归诸幻也。欲空诸所实，而明物察伦，惇典庸礼者，不能不归诸虚也。故其道虚阔胜大，而不能不外於伦理；其言精深敏妙，而不能开物以成务。文中子曰：“其人圣人也，其教西方之教也，行於中国则泥。”诚使地殷中土，人集灵圣，神迹怪异，理绝人区，威证明显，事出天表，信如其书之言，然后其教可得而行也。今居中国之地，而欲行西方之教，以之行己，则髡发缁衣，斥妻屏子，苦节而不堪，矫异而难行也。然且行之，斯泥矣。以之处物，则久习同於初学，毁禁等於持戒，众生齐於一子，普济极於含灵，必外於斯世而生，而后其说可通也。处斯世斯生，而欲以其说通之，斯泥也。以之理财，则施舍盛而耕桑本业之教荒。以之用人，则贤否混而举错命讨之防失。以之垂训，则好大不经，语怪语神，荒忽罔象之教作。乌往而不泥哉？今所居者中国，尧、舜、禹、汤、文、武之所立也；所业者《六经》，尧、舜、禹、汤、文、武之所作，周公、仲尼之所述也。所与处者人伦庶物，尧、舜、禹、汤、文、武、周、孔之所修而明也。乃欲信从其教而扬诩之，亦为诞且惑矣。况吾之修身格致，以研精而不离明体诚正，以守一而不违行愿。惩忿窒欲，以去损而非有所减，迁善改过，以致益而非有所增。爱恶不与以己，而何有憎爱？视听一闲以礼，而何有净染？精义至於入神，理障亡矣；利用所以崇德，事障绝矣。孝弟通於神明，条理通於神化，则举其精且至者，不旁给他借而足，又何必从其教之为快哉？仆少而局方，壮未闻道，达者病其小，廉旷者诮其曲，谨约者病其泛涉，乃中心恒患其有惑志也。其於释宗何啻千里，而欲抽关键於眇微，析异同於疑似，祗见其不知量也。然为是缕缕者，念非执事，无以一发其狂言。（《论儒释书》）
学自宋嘉定来，歧穷理居敬为二事。而知行先后之辨，廉级已严令学者，且谓“物理必知之尽，乃可行也”。便文析说之儒，争支辟，析句字，为穷理而身心罔措。於是，王文成公实始悟“知后非知”，即本心良知为知，“践迹非行”，得本心真知为行。而尚书增城湛公，本师说以“勿忘勿助”为心之中正，为天理，自然随处体认之也。人士洗然，内反其视听而学焉者，薄典训，卑修省，一比於己。
高公学南太学时，二先生说盛行。增城官南太宰，称湛氏学。公往造业投刺，见阍者掷笔抵掌叹，盖歆之也。问焉，指尺牍曰：“是赫蹏所请，请书地，直累千金者也。”公曰：“亟反吾刺，是於所谓天理何居乎？”不见而反。王门高第弟子，官郎署，名王氏学有声，公造焉。於弹碁时，得其人慧而多机。退叹曰：“郎多机而慧，名良知，弊安所极哉！”亦竟谢不复往。於是就高陵吕先生於奉常邸学焉。
常存戒慎恐惧，则心体自明，勿任意必固我，则物宜自顺。
问“知”，曰“先自知”。问“仁”，曰“先自爱”。问“勇”，曰“先自强”。而以无自欺为致知，如恶恶臭、如好好色为格物，尤吾党所未发，立本深矣。
余姚之论，信本心之知已过，故增城以为空知。增城以勿忘勿助之间，即为天理，故余姚以为虚见。然余姚言致知，未尝遗问思辨行，专之者过，遂以为空知。增城言勿忘勿助时，天理自见，语固未尝不确也。盖权衡已审，而世有求端於一悟，谓即悟皆真，有观察即为外驰，有循持即为行仁义，则痛闢之以为蔽陷虚荡，妨教而病道。（以上《王稚川行状》）