早年失怙
夸美纽斯1604年，12岁的夸美纽斯失去了父母；两位姐姐也相继夭折。他早年失怙，沦为孤儿，被寄养在姨妈家里。这不幸命运的打击中断了他在兄弟会初等学校的学习生活。
1608年，受兄弟会资助，夸美纽斯入普列罗夫市的拉丁文法学校学习。在校三年期间，他刻苦自励，发愤学习，成绩优秀，表现出卓越的才能。
1611年毕业后，夸美纽斯于同年3月30日被“兄弟会”选送到德国的赫尔伯恩大学学习哲学和神学。兄弟会选中该校，是因为这所大学盛行加尔文派思潮，它和兄弟会的宗教观点大同小异之故。大学期间，他在阿尔斯泰德（1588～1638）等进步教授的影响下，系统地学习了古代思想家的著作，研究了人文主义者的思想，接触了新兴的自然科学知识，了解了宗教改革以来各国的教育发展动向，探讨了当时德国著名教育家拉特克和安德累雅等人的教育革新主张，为他后来从事文化教育活动打下了良好的根基。从那时起，夸美纽斯就开始收集资料，准备为祖国同胞编写一本捷克语词典和捷克文的百科全书。
在此期间，夸美纽斯于1613年在西欧作了短期旅行，访问了当时的文化名城阿姆斯特丹，并在海得堡大学听课。他还坚持写日记，日记中记载着他的著名的哲学命题：“头脑里的一切没有不起源于感觉的”。他认为只有感觉所提供的材料，才是最可靠的。
这次旅行使他领略了自然的风采，体察了民众的生活，熟悉了文化民俗。这些无疑扩大了他的视野，挖掘了他的认识，使他的思想更具生动和实际的意义。
初为人师
1614年，夸美纽斯从海得堡徒步回国，被“兄弟会”委任为他的母校——普列罗夫拉丁文法学校的校长。他以极大的热诚献身于教育事业，开始研究教育改革问题。1616年在教育革新上作了第一次尝试，参照克拉克的方法编写了一本小型的语法指南《简易语法规则》。
同年被选为“兄弟会”牧师，在奥尔光兹担任圣职。
1618年，夸美纽斯被调到富尔涅克城。他身兼二职，既任牧师，又任兄弟会学校校长，他非常热爱学生，尊敬学生。为了培养学生热爱自然的情感，常带他们出城远足。
在任教期间，夸美纽斯不忘“兄弟会”会友，除了牧师所担任的慈善事业以外，他还关心会友生活，引导他们开展养蜂业，使会友从中受益，自给自足。
夸美纽斯从百忙中挤出时间，潜心研究托玛斯·莫尔、康帕内拉、路易·维夫斯等人的著作；广泛阅读教育著作，撰写教育、哲学、神学等论文。同时学习绘画艺术，特别是对地图学有较深造诣，他笔下的《精制摩拉维亚新地图》于1627年出版发行，曾经多次再版，被广泛采用。
夸美纽斯初为人师，热爱学生，勇于探索，兴趣广泛，显示出惊人的才华。
国破家亡
夸美纽斯的教育及研究事业刚刚起步，但时乖运蹇，三十年（1618——1648）战争爆发了，整个欧洲卷入了战火，遭受了难以想象的蹂躏。白山一战，“天主同盟军”打败了捷克军队，捷克完全丧失了独立，新教徒惨遭驱逐、流放，财产被没收，人民遭屠杀；“兄弟会”倍受迫害。
1621年，西班牙雇佣军攻占富尔涅克，并放火烧城。夸美纽斯的家产、藏书和所有的论文手稿化为灰烬，他本人幸免于难，只带着几件仅存的衣服逃出了富尔涅克。当时妻子身怀有孕，只好回到了娘家，跟父母暂居一处。
祸不单行。1622年初，战争带来了瘟疫，他的妻子和两个孩子染疫丧生，他再次遭到了沉重的打击。战争夺去了祖国的尊严和妻儿的生命，也夺去了他研究教育的美好的时光。
夸美纽斯在这国破家亡的黑暗的时代，伤痛祖国的沉沦，愤恨国际间以大凌小，弱肉强食的掠夺战争，渴望和平、安宁、光明世界的到来。他以顽强的斗志，站在斗争的第一线，同反动势力进行了艰苦的斗争，成为反封建的斗士。1618年，他发表《致天国书》，以“被压迫的贫民对上天的控诉”自称，深刻揭露了当时种种不平等现象，他对上天控拆道：“不公平的是，那些人（富人）有无数的人世上的财物，而我们却贫穷困苦，可是我们本来跟他们一样都是你创造的，他们的粮食囤积满仓，任凭老鼠啮食，我们却沦为饿殍；他们的衣柜里堆满了穿不尽的绫罗绸缎，被蠹虫所蛀蚀，我们却衣不蔽体。”
夸美纽斯痛恨战争，忧国忧民，对当时不平等的社会制度进行了无情的批判，表现出无所畏惧的气节。
泪别故国
1624年，德皇斐迪南二世颁布了一项法令，命令把所有新教徒从捷克驱逐出境。夸美纽斯同其他“兄弟会”成员隐居在波希米亚的密林中，继续从事救国活动，并进行教育研究，教导会员子弟。他们深信良好的教育是复兴祖国和改良社会的主要手段。
1625年3月，“兄弟会”在杜布拉维查村举行元老会，会议决定马上跟波兰取得联系，要求避难，并推选夸美纽斯为谈判代表。为了“兄弟会”和祖国的利益，夸美纽斯冒着被捕的危险，来回奔波，终于达成了有关协议。
1627年?月31日，德皇再次下令，以天主教为捷克唯一合法的宗教，市民必须在六个月内公开信奉天主教，否则要被流放国外。因此，1628年2月，夸美纽斯同三万多户“兄弟会”家庭告别祖国，迁往波兰的黎撒城避难。
在离别祖国之际，夸美纽斯的心情极其沉痛，想到多灾多难的祖国在异族的统治下，痛苦地呻吟着，可她的子孙们为了生存和图强却要离开她……此时此刻，他怎么也压抑不住对祖国的炽热感情，他愤然爬上高山，面对可爱的祖国，双膝跪倒，泪如雨下，用赤子的热泪滋润着母亲的心田：“祖国啊——母亲，再见吧！”
母育学校
1632年，夸美纽斯出版了《母育学校》一书，在人类史上首次制定了6岁以下儿童详细的教育大纲，这是他的伟大功绩之一。实际上，他也是最先研究家庭教育的教育家和思想家之一。
夸美纽斯认为，家庭是儿童的第一所学校，家庭教育是学校教育的初步阶段，父母是儿童们的第一位老师，特别是母亲对孩子的教育负有特殊的责任和义务。儿童“应当比金银珠宝还要珍贵些、可亲些，儿童是使我们不忘谦逊、和蔼、仁慈、协调等美德的镜子。”
在《母育学校》里，夸美纽斯遵循儿童的自然性原则，认为教育内容应由简到繁，从感觉（看、听、尝、触）训练到宗教信仰的培养，形成梯度，循序渐进；教育方法应简单灵活，易于操作。他对儿童的道德培养极为重视，内容有12项之多，由饮食起居一直到宗教礼仪，要求合理得当。
《母育学校》一经发表，就以其独有的风格广为传播，成为家长们的实用手册和母亲们进行家庭教育的指南，也成了启开儿童智慧大门的“金钥匙”。
客逝荷兰
1668年，夸美纽斯写成《唯一的必要》一书。他把这部作品献给荷兰的鲁布拉赫亲王，恳求亲王宣扬和平，谋求公共幸福，这本书还表达了他对祖国的眷恋之情：“……我整个一生不是在祖国，而是在流浪中度过的，我的住处时时变动，没有一个我永久住过的地方”。
1670年11月初，夸美纽斯病倒在床，可他仍不忘“兄弟会”的前途和命运，即使在临终之际，对尚未完成的“泛智论”著作还耿耿于怀，仍然不忘教育事业。他把儿子叫到床前，一再嘱咐要整理好他的所有手稿和草稿，以待出版，留给后世。
1670年11月15日，夸美纽斯带着对祖国的眷恋之情与世长辞，遗体葬于阿姆斯特丹附近的拉尔登。
夸美纽斯是新教育学的奠基人、伟大的思想家、杰出的民主主义教育家；这位“捷克文化巨子”始终不渝地热爱着他的祖国。他是捷克民族独立的捍卫者，也是一个不懈奋战的和平战士。
“夸美纽斯是一位深邃而有独立见解的哲学家，也是一位博学而天才的教育家，他在新生一代的教学和教育理论实践上完成了一场革命。”