为加强国家战略科技力量与地方创新发展战略深度对接，中国科学院大学与南京市政府于2018年2月签约共建中国科学院大学南京学院，2019年初开工建设。
1月4日，中国科学院大学南京学院正式揭牌。
国科大南京学院由中科院南京分院牵头承办，校址坐落于麒麟科技城，与中国科学院南京分院麒麟新园区毗邻建设、融合发展。目前国科大南京学院拥有7个一级学科、16个学位授予点和23个硕士学位授予点，共有包含9位两院院士、60位国家及中科院优秀人才在内的400位在岗博士和硕士导师队伍，拥有3个国家重点实验室、2个国家工程实验室、4个中科院重点实验室和9个野外观测台站在内的高端科研平台。
国科大南京学院将聚焦信息、生命、天文、能源与环境等学科领域，整合中科院在宁研究机构现有优势学科以及新引进的中科院大院大所的优势力量，分期论证和组建资源环境与地球科学学院、空间天文与光电技术学院、人工智能与信息技术学院、航空宇航学院、生物安全与健康学院等专业学院。国科大南京学院将建设成为多学科交叉融合、具有国际影响力的科教融合学院，通过人才培养带动学科建设、科学研究和技术转移，成为独具特色、国内知名的高层次人才培养基地、科技创新基地和人才聚集高地，为南京创新名城建设提供支撑。
作为中科院科教融合的核心载体，中国科学院大学（简称“国科大”）是一所以研究生教育为主的高等学校，与南京市共建“联合体”定名为国科大南京学院，以中科院在宁科研院所资源与环境、地球科学、现代农业、天文与空间等优势学科为基础，依托中科院其他科研院所在宁分支研发机构，培育人工智能、信息技术等学科方向，建设科教融合学院，通过人才培养带动学科建设、科学研究和技术转移，成为独具特色、国内知名的高层次人才培养基地、科技创新基地和人才聚集高地。
学院为国科大直属二级学院，坐落于南京麒麟科技城，中国科学院南京分院牵头承办，中国科学院南京土壤研究所、南京地理与湖泊研究所、南京地质古生物研究所、国家天文台南京天文光学技术研究所和中国科学院院属科研院所在宁分支研发机构等单位联合承办，至2020年，建成包括综合教学、图书情报、学术交流、教育管理以及学生公寓、食堂、室内外文体活动和双创等功能齐全的一流校园。
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